[发明专利]用于确定无功能变异致病证据适用性的方法、设备和介质

权利要求书

1.一种用于确定变异信息对于无功能变异致病证据的适用性的方法，包括：

基于基因注释信息库和参考基因组，确定与多个转录本标识相关联的多个无义介导的mRNA降解逃逸区域和与所述多个转录本标识相关联的、阅读框内预定多种移位变化对应的多个提前终止密码子位置，所述基因注释信息库指示多个基因标识、多个转录本标识和多项基因编码区域信息之间的关联；

基于所述基因注释信息库和所述参考基因组，确定与待分析的目标变异信息相对应的变异类型、转录本编码序列和基因标识；

如果确定与所述目标变异信息相对应的基因标识位于与功能丧失相关联的预定基因标识集中，则对于所述变异类型为编码区域内无义突变、编码区域内移码突变或者经典剪接位点突变，基于所述转录本编码序列、所述多个无义介导的mRNA降解逃逸区域和所述阅读框内预定多种移位变化对应的多个提前终止密码子位置，生成关于所述目标变异信息是否导致无义介导的mRNA降解的预测结果；以及

基于所述预测结果，确定所述目标变异信息对于无功能变异致病证据的适用性；

其中确定与多个转录本标识相关联的多个无义介导的mRNA降解逃逸区域和与所述多个转录本标识相关联的、阅读框内预定多种移位变化对应的多个提前终止密码子位置包括：

基于所述基因注释信息库和所述参考基因组，生成与所述多个转录本标识相关联的多个编码序列；

对于所述多个编码序列中的每个编码序列，确定所述编码序列中的倒数第二个外显子终止位置上游预定数量个编码区域内碱基对处与最后编码碱基之间的子序列在所述参考基因组中的对应区域，作为与所述编码序列所关联的转录本标识相关联的无义介导的mRNA降解逃逸区域；以及

对于所述多个编码序列中的每个编码序列，确定所述编码序列中的阅读框内预定多种移位变化而生成的终止密码子在所述参考基因组中的对应位置，作为与所述编码序列所关联的转录本标识相关联的、阅读框内预定多种移位变化对应的提前终止密码子位置。

2.根据权利要求1所述的方法，其中生成关于所述目标变异信息是否导致无义介导的mRNA降解的预测结果包括对于所述变异类型为编码区域内无义突变或编码区域内移码突变：

基于所述转录本编码序列和所述目标变异信息，确定与所述目标变异信息相对应的变异位置处是否形成提前终止密码子；

如果确定所述变异位置处未形成提前终止密码子，则确定所述目标变异信息是否导致阅读框内移位变化；

如果确定所述目标变异信息导致阅读框内移位变化，则基于所述目标变异信息导致的阅读框内移位变化类型和与所述阅读框内移位变化类型对应的多个提前终止密码子位置，确定所述变异位置的下游是否存在提前终止密码子；

如果确定所述变异位置的下游不存在提前终止密码子，则生成关于所述目标变异信息不导致发生无义介导的mRNA降解的预测结果；

如果确定所述变异位置的下游存在提前终止密码子，则确定所述变异位置的下游的最近提前终止密码子位置是否位于多个无义介导的mRNA降解逃逸区域内；

如果确定所述最近提前终止密码子位置位于多个无义介导的mRNA降解逃逸区域之外，则生成关于所述目标变异信息导致发生无义介导的mRNA降解的预测结果；

如果确定所述最近提前终止密码子位置位于多个无义介导的mRNA降解逃逸区域内，则生成关于所述目标变异信息不导致发生无义介导的mRNA降解的预测结果；

如果确定所述目标变异信息不导致阅读框内移位变化，则生成关于所述目标变异信息不导致发生无义介导的mRNA降解的预测结果；

如果确定所述变异位置处形成提前终止密码子，则确定所述变异位置是否位于多个无义介导的mRNA降解逃逸区域内；

如果确定所述变异位置位于多个无义介导的mRNA降解逃逸区域内，则生成关于所述目标变异信息不导致发生无义介导的mRNA降解的预测结果；以及

如果确定所述变异位置位于多个无义介导的mRNA降解逃逸区域之外，则生成关于所述目标变异信息导致发生无义介导的mRNA降解的预测结果。