[发明专利]一种皮肤疾病基因SNP位点分型优化的方法

权利要求书

1.一种皮肤疾病基因SNP位点分型优化的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取样品中的基因组DNA，得到DNA提取液；

2)对步骤1)所得的DNA提取液进行PCR扩增，先加入DNA提取液与PCR缓冲溶液、Mg²⁺溶液、dNTP、DNA聚合酶和第一PCR引物混合反应，再加入等量的DNA提取液与PCR缓冲溶液、Mg²⁺溶液、dNTP、DNA聚合酶和第二PCR引物反应，得到PCR扩增产物；

其中，第一PCR引物由9个SNP基因位点组成，9个SNP基因位点在NCBI中SNP的数据库的rs号为：rs11966200、rs6010620、rs6902119、rs2393903、rs2431697、rs2236313、rs9318086、rs9468925和rs10490924；第二PCR引物由7个SNP基因位点组成，7个SNP基因位点在NCBI中SNP的数据库的rs号为：rs11200638、rs7007032、rs7331047、rs10088247、rs7325450、rs151823和rs1052134；

16个SNP基因位点的序列为：

rs151823F：TCACACCCAATGCCTGATGTTC，

rs151823R：TGAGGGGTCCTAAGCAGGAGGA；

rs2431697F：TTTCTTTTTTTAAGAGGGGGTGAAAGA，

rs2431697R：CCCTTGCCCTTACAGCTCCAGT；

rs7007032F：CACACGGAGAAGGTAAAAACCATGA，

rs7007032R：CGCATGGTGTTCTGAGGAACTG；

rs10088247F：CTAGGCAGGGGGACCATGAAAG，

rs10088247R：TGAGTCCTCCTAGGGATATTCAGTACAAA；

rs2393903F：AGCCCAAGGGCAGAACTTCATC，

rs2393903R：GCTGTGGACCTCTGCACACTCA；

rs6010620F：TCAGGCCTGTTTTCCCTTTTTGA，

rs6010620R：GTGTGCTGTTCCGTGGGAGAGT；

rs11966200F：CCGTGGGGTTGCATGATGTATT，

rs11966200R：GGTCCCTAAGGAGCGAGTGACC；

rs9468925F：TTCCCCAAACAATGCACTCACA，

rs9468925R：GCCAAATGGCAGATATGCTTGA；

rs2236313F：TTTTATCGGGCCTGGAAATTCA，

rs2236313R：GCAGTGGCCTGTCTGCATTACTC；

rs6902119F：TGGCCAGGAACATTTGCTGATt，

rs6902119R：TCAGCCTAGAGCCTCCTGTGGA；

rs9318086F：TCTGTAGGGAGAGAAGGGCATACCT，

rs9318086R：tgcagtggcgcTCTTATGTTTTC；

rs7331047F：CACTCTGCAGAGCAGAGACAGRCAG，

rs7331047R：GTCCCTGATGGGTTGGGATGTA；

rs7325450F：AGTGTCAGGGCTCACATTAGAAATTACA，

rs7325450R：CTTGCAACGACGGCTCTTTGGTA；

rs10490924F：TGGTGGAGAAGGAGCCAGTGAC，

rs10490924R：GAATTGCCTAGGCCTCCCTGTG；

rs11200638F：GCATGCCACCCACAACAACTTT，

rs11200638R：GTTCCTGCAAATCGCCGGACT；

rs1052134F：CCCAACCCCAGTGGATTCTCAT，

rs1052134R：TGCCTGGCCTTTGAGGTAGTCA；

3)PCR产物经核酸外切酶Ⅰ和虾碱性磷酸酶纯化，得到纯化后的PCR扩增产物；

4)纯化后的PCR扩增产物与延伸引物混合物、SNaPshot Multiplex Kit溶液和超纯水混合，进行延伸反应，得到延伸产物；其中，延伸引物混合物由16个SNP基因位点的引物组成，16个SNP基因位点在NCBI中SNP的数据库的rs号为：rs151823、rs2431697、rs7007032、rs10088247、rs2393903、rs6010620、rs11966200、rs9468925、rs2236313、rs6902119、rs9318086、rs7331047、rs7325450、rs10490924、rs11200638和rs1052134；16个SNP基因位点的序列为：

rs151823SF：TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTCAGAAAACACATTCCTCTGGCA；

rs2431697SR：TTTTTTTTTTTTACTTTGCTTTTGTATCAGATTTCTAAATCG；

rs7007032SF：TTTTCCAGAAGCTGGATGCGATGAAGA；

rs10088247SR：TTTTTTTTTTTTTTTTAAGAAATTATCAAGGACCAAGTCAGAGTTG；

rs2393903SF：TTTTTTTTTTTTTTTTCCTGGACACACACAAACATGCACA；

rs6010620SR：TTTTTTTTTTTGCAACCAGATCATGCAAAGCAGG；

rs11966200SR：AGCGAGTGACCTGTGGAGACCTC；

rs9468925SF：TTTTTTTTTTTTTTTTTTTCACTCACATGTTTTTAATAAATWCTACAGCC；

rs2236313SF：TTTTTTTTTTTTTTTTTTCCAGGCAGGATGCTTAAGAAAGAAGA；

rs6902119SR：TTTTTTTTTTTCATCAAAGCAACAGTCAGTCCTTCCA；

rs9318086SF：TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATATAGAAGCCAGAGGAGTACTTCTGTCA；

rs7331047SR：CACTCCAGCCTGGGTAACAGAGTG；

rs7325450SR：TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCACGACTAGGGTTGAGTGTCAGTTAATCTG；

rs10490924SF：TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTATCACACTCCATGATCCCAGCT；

rs11200638SR：ACCGCGGGGCCTCTGCGGC；

rs1052134SR：TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCCTGAGCATGGCGG；

5)延伸产物经过虾碱性磷酸酶纯化，得到纯化后的延伸产物；

6)得到纯化后的延伸产物后，加入Hi-Di甲酰胺和Liz120 SIZE STANDARD混匀，变性后上测序仪；

7)通过测序仪分析步骤6)所得延伸产物的荧光标记和长度信息。