[发明专利]一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法

权利要求书

1.一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、通过EMS处理目标植物的未成熟胚，获得M1代植物，M1代自花授粉获得M2群体，从中筛选出隐性突变M2群体；

S2、从步骤S1筛选出的隐性突变M2群体中，分别收集同等数量的突变株、野生植株的叶片，各提取全基因组DNA，并将提取的DNA等量混合，混合成突变基因池及野生基因池；

S3、将步骤S2混合成的突变基因池与野生基因池进行测序，获得原始测序数据；

S4、对步骤S3获得的原始测序数据分别进行过滤获取高质量clean reads，reads比对和变异检测，并通过变异过滤及滑动窗口分析，获得候选因果突变区域；

S5、在步骤S4获得的候选因果突变区域经因果突变位点筛选，获得相应因果突变位点以及相关基因；步骤S4所述的变异过滤包括如下过程：

（1）保留每个M2群体特异性变异体，并清除在两个或多个M2群体中同时存在的背景变异体；

（2）去除同一个M2群体的两个DNA池中的SNP-index 0.7的单核苷酸多态性和短插入缺失；

（3）去除同一个M2群体的两个DNA池中SNP-index 0.3的SNPs和Indels，同时，突变池中SNP-index = 0的任何变异也在被去除；步骤S4所述的滑动窗口分析的具体过程包括：在每个群体的两个池中，计算各个变异位点的SNP-index之间的差异以及相应绝对值，绘制拟合曲线，根据每个群体中绘图SNP的密度，选择适合该曲线的最佳连续SNP数，每个窗口的X轴值设置在第一个和最后一个SNP之间的中点，确定携带候选因果突变的基因组区域。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1所述筛选出隐性突变M2群体是通过M2群体之间的相互比较去除背景变异获得的。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S4所述的过滤获取高质量clean reads具体过程如下：

（1）移除具有≥10 %的未识别核苷酸的reads；

（2）删除 50 % 碱基的Phred质量分数≤20的reads；

（3）移除包含接头的reads。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤（2）及步骤（3）中的SNP-index的计算方法为对于每个变异位点，计算非参考的reads数与变异位点基因座的总reads数的比值。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述绘制拟合曲线通过对10个、20个或40个连续SNP在滑动窗口中的值取平均值获得的。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S5所述的因果突变位点筛选包括变异对基因编码的蛋白氨基酸序列影响分析、变异频率分析和变异相关基因的功能解析。