[发明专利]一种阪崎克罗诺杆菌耐干燥基因分型方法

说明书

本发明公开一种阪崎克罗诺杆菌耐干燥基因分型方法，步骤如下：(1)获取待分型阪崎克罗诺杆菌的18个耐干燥特性相关基因的全长脱氧核糖核酸序列；(2)将获得的不同阪崎克罗诺杆菌中的18个耐干燥基因序列进行组合后，进行分型以及系统发育树的构建，以对不同阪崎克罗诺杆菌的亲缘、进化关系进行研究。本方法通过设置合理的阈值获得食源性致病微生物与危害性相关联的分型标识物，解决了MLST分辨率不足和cgMLST分析速度较慢的问题，建立了兼顾分辨率及速度的致病菌株分型技术方法。本方法可以应用于基础研究和临床研究，更可以对阪崎克罗诺杆菌的暴发进行精确有效的分型溯源追踪。

技术领域

本发明属于生物技术领域，尤其是一种阪崎克罗诺杆菌耐干燥基因分型方法。

背景技术

生物的主要遗传物质是DNA，基因组就是细胞或生物体内完整的遗传物质的总称，代表着生物体完整的特征信息和遗传信息。目前，对于生物体的研究越来越多的转向研究整个生物体基因组的特性、各功能基因的结构特性和遗传相似性等。经过近三十年的飞速发展，全基因组测序技术越来越成熟。对生物体的全基因组序列进行测序可以获得生物体全部的信息，对此进行全方面的研究会进一步促进人类对生命奥秘的认识。

目前对于食源性致病菌：一方面，大部分数据库都存在食源性致病菌数据量低、注释不够深入，以及当前微生物多态性分析技术与菌株危害性关联程度低、基于基因组的多态性分析技术标准不统一、冗余信息过高等问题；另一方面，以功能基因为基础的食源性致病微生物的相关分型溯源技术研究较少。多加开展基于这些功能基因的分型技术研究与开发，最终形成食源性致病微生物污染溯源网络平台，既能实现与国家食品安全监督机构构建的覆盖国内的食品安全风险监测网络实时无缝对接，又可与国际食品安全检测溯源网络对接，从而为我国以至国际食源性致病微生物的预防、诊断和溯源提供信息化服务。

近年来，阪崎克罗诺杆菌受到了科研人员越来越多的关注，其耐干燥特性形成条件与机制的相关研究将为预防阪崎克罗诺杆菌污染发挥重要的作用。近年来，关于阪崎克罗诺杆菌的分型大多使用常见的表型分型和分子分型方法，包括生化分型、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分型(MALDI-TOF MS)、血清型分型、脉冲场凝胶电泳分型、多位点序列分型、随机多态性扩增DNA基因分型、核糖体分型、特殊基因分型等。利用致病菌的致病性、抗逆性相关基因以及核心基因组、全基因组进行分型还未有更加深入的研究，寻找更多的多态性标识物对阪崎克罗诺杆菌进行更加精准的分型溯源具有重要的意义。

多位点序列分型(MLST)技术是1998年提出的一种基于可移植核酸序列测定的细菌克隆关系鉴定方法。Peng Fei通过MLST、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、基于PCR的O抗原血清分型以及ompA和rpoB序列分析对中国一家婴儿配方奶粉生产厂的阪崎克罗诺杆菌和丙酸克罗诺杆菌分离株进行了进化和溯源分析，研究中的阪崎克罗诺杆菌ST268仅在一个位点与数据库ST4不同，因此位于阪崎克罗诺杆菌CC4之内。丙酸克罗诺杆菌ST201位于CC7中，因为它与数据库ST7型仅相差一个位点。因此，MLST不仅可以鉴定和基因分型，而且还反映了新生儿感染的潜在临床意义，并能够进行准确的来源追踪和归因，

同时也表明MLST分型溯源技术在致病菌的进化分析方面具有优势，并且可以对菌株的最初感染来源进行判断。

但基于持家基因的细菌菌株MLST分型方法通常只选择7个左右的基因，虽然MLST等位基因在线数据库在不断的更新完善中，但由于分辨率较低、费用高的原因并不适合大量的菌株分型分析。