[发明专利]调节EIF4A3表达以调控肝癌细胞增殖能力的应用

权利要求书

1.一种调节EIF4A3表达以影响肝癌细胞增殖的综合调控网络的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)数据处理：从癌症基因组图集数据库中下载肝癌数据，并对这些肝癌数据进行预处理；所述肝癌数据包括基于Affymetrix人类基因组U133a阵列平台的RNA_Seq的基因表达谱、甲基化的基因表达谱、SNP的数据和CNV的数据；

(2)差异表达分析：对肝癌数据分别在EIF4A3低表达的样本和EIF4A3高表达的样本中的情况进行差异表达分析以寻找与EIF4A3表达相关的基因；

(3)加权基因共表达网络分析：提取在EIF4A3低表达的样本和EIF4A3高表达的样本中分别低表达和高表达的mRNA，执行WGCNA以探索与肝癌相关的模块；

(4)构建综合调控网络：对与表型相关性最大的模块基因进行功能富集分析，构建调节EIF4A3表达以影响肝癌细胞增殖的综合调控网络。

2.根据权利要求1所述调节EIF4A3表达以影响肝癌细胞增殖的综合调控网络的构建方法，其特征在于，所述数据处理的步骤如下：

在CNV数据中有375个肝癌样本和391个对照样本，对CNV数据进行基因注释，将拷贝数位点转换为基因symbol，以供后续分析；

在肝癌甲基化的基因表达谱数据中有380个肝癌样本和50个对照样本，使用R软件包ChAMP进行甲基化阵列分析，对数据进行过滤，随后用函数champ.norm对数据进行标准化处理，最后计算差异甲基化；

所述SNP的数据总共有387个样本其中包括345个肝癌样本和42个对照样本，使用MATLAB2018b软件计算出SNP位点的Pvalue值，查看基因突变的显著性；

在所述RNA-seq的基因表达谱的中总共有387个样本其中包括345个肝癌样本和42个对照样本。

3.根据权利要求1所述调节EIF4A3表达以影响肝癌细胞增殖的综合调控网络的构建方法，其特征在于，所述差异表达分析的步骤中：

基于背景集Homo_sapiens.GRCh38.98.chr.gtf提取mRNA和lncRNA表达谱，并且与健康对照相比，对肝癌样本进行差异表达分析；

使用perl语言对肝癌的CNV数据进行正常样本比肝癌样本的差异表达分析；

使用R软件包limma对RNA表达谱数据进行差异表达分析；limma包中的normalizeBetweenArrays函数被用来对表达谱进行标准化；当某一个RNA对应多个探针，则选择这些探针的平均表达值作为该RNA的表达值。

4.根据权利要求1所述调节EIF4A3表达以影响肝癌细胞增殖的综合调控网络的构建方法，其特征在于，所述加权基因共表达网络分析包括如下步骤：

使用hclust函数对提取的与EIF4A3显著相关的上调的和下调的7574个mRNA进行层次聚类分析；利用pick Soft Threshold函数筛选模块构建过程中的软阈值功率值；用候选功率检验不同模块的平均连通度及其独立度；WGCNA R包用于构建共表达网络；最小模块大小被设置为30，并且每个模块被分配一个唯一的颜色。

5.根据权利要求1所述调节EIF4A3表达以影响肝癌细胞增殖的综合调控网络的构建方法，其特征在于，所述构建综合调控网络包括如下步骤：

应用clusterProfiler包对与EIF4A3表达相关性最大的1619个mRNA进行功能富集分析，以探索模块基因参与的功能和信号通路；

应用基因集富集分析探索富集在肝癌样本和EIF4A3高表达样本通路，并对通过基因集变异分析获得每条通路在肝癌样本和EIF4A3高表达样本的GSVA评分；

基于RNA Inter数据库库提取能够调控EIF4A3的lncRNA，结合功能富集过程获得的通路构建了lncRNA靶向EIF4A3介导的影响肝癌细胞增殖的综合调控网络。