[发明专利]一种检测呼吸道病毒病原体的NGS引物组及试剂盒

说明书

本发明公开了一种呼吸道RNA病原体(甲流、乙流、合胞病毒、新冠)NGS引物组及试剂盒，所述引物组由594条引物序列组成。本发明针对甲流、乙流、合胞病毒和新型冠状病毒基因组特定设计了594个引物，覆盖整个病毒基因组，提高了病毒的检测并大大提高了病毒基因组序列全长检测的可能，无需PCR扩增即可快速实现病毒基因组全覆盖。

技术领域

本发明属生命科学和生物技术领域，特别涉及检测甲流、乙流、合胞病毒和新冠基因组的NGS引物组及试剂盒。

背景技术

高通量测序技术(NGS)具有快速、低成本实现对于病原体基因组进行全覆盖的能力。传统检测RNA病原体的方法，对于RNA会采用随机引物进行逆转录，优点是成本低，一个6～9个碱基的随机引物就可以覆盖各种RNA可能。但缺点也非常明显，针对临床样本，每一个样本中核酸来源复杂，随机引物会把所有可能的RNA都尽可能转录出来，特别是人源样本中核糖体RNA，含量很高，这样对于特征想检测的病毒病原体检测的能力就降低了。

呼吸道感染中，甲乙流合胞病毒，以及新冠病毒，都是临床常见的病原体，并且这几个病毒由于具有广泛的传播性，针对特发的聚集病例不光需要尽快诊断，同时非常迫切希望快速、低成本实现全基因组检测，从而及时调整卫生防疫政策。

本发明首先选择了四个呼吸道病原体，临床上不仅关注检出情况，还关注病原体基因组层面是否发生突变。因此高通量测序技术是非常适合快速、低成本实现检测并测量基因组全长的技术。并创新地不再使用随机引物，而是特定设计研发了针对四个病原体基因组上特异转录引物，这样不仅可以大大提高检出效果，还可以尽可能拼接出基因组全长。

发明内容

本专利旨在提供一种提高呼吸道常见病毒病原体检出能力，并同时可以尽可能覆盖全基因组的检测试剂盒。创新地不再使用随机引物进行RNA逆转录，而特异设计开发了针对甲流、乙流、合胞病毒和新冠病毒的特异转录引物，每个病原体分别设计了甲流(102)、乙流(148)、合胞病毒(164)和新冠病毒(180)，共594条引物。这些引物特异针对这四个病原体整个基因组，可以在检测病原体的同时尽可能覆盖全部基因组，为了病毒溯源提供技术支持。

病毒特异引物设计要点，通过生物信息算法设计特异性引物，引物只能特异针对该病原体，逆转录效率也会根据病原体基因组结构、序列碱基组成以及空间位置差异而差异非常大，并不能简单通过生物信息软件预测获得；逆转录效率差异主要导致各个引物之间产物数量差异大，这样就很难保证在一定测序数据量的要求下尽可能覆盖基因组，从而需要更大量的测序数据，造成检测成本增加和不确定。因此引物的组合需要经过大量的优化和重组，每次测序后，根据数据量不够的区域进行重新设计引物和调整，需要经过数轮整合测序分析最终才能确定引物组合。

一种检测呼吸道病毒病原体的NGS引物组，其特征在于，所述引物组由594 条引物序列组成，包括检测甲流病毒的102条引物、检测乙流病毒的148条引物、检测合胞病毒的164条引物，和检测新冠病毒的180条引物，引物的碱基序列为：

(1)检测甲流病毒的引物

(2)检测乙流病毒的引物

(3)检测合胞病毒的引物

(4)检测新冠病毒的引物