[发明专利]分析慈姑不同组织的内参基因及其筛选方法和应用

说明书

本发明涉及植物基因技术领域，特别涉及分析慈姑不同组织的内参基因及其筛选方法和应用，本发明根据RNA‑Seq测序数据分析，利用软件评估并分析各个候选内参基因在慈姑不同组织中的表达稳定性，最终筛选出比常用的管家基因更为稳定的内参基因C36425，该内参基因能在慈姑根、茎、叶、花、匍匐茎和球茎中均能稳定表达，最大程度地减小了由于内参基因的选择造成样品之间和样品内部的差异，为后期利用q RT‑PCR探索慈姑生长发育相关功能基因表达研究提供了科学依据。

【技术领域】

本发明涉及植物基因技术领域，特别涉及分析慈姑不同组织的内参基因及其筛选方法和应用。

【背景技术】

慈姑(Sagittaria sagittifolia L.)是泽泻科(Alismataceae)慈姑属宿根性水生草本，原产中国。欧洲多用于观赏，中国、日本、印度和朝鲜用于蔬菜。以球茎作蔬菜食用，为冬春蔬菜供应淡季的主要水生蔬菜之一。慈姑含有很高的营养和药用价值，可药食兼用，具有很大的应用市场和开发潜力。种植慈姑已成为农民增收经济来源，脱贫致富的有效途径之一。

基因的表达分析被广泛应用于生物科学领域研究。RT-qPCR由于灵敏度高、稳定性好，是目前基因表达分析常用的方法之一。在转录水平进行基因表达分析，选择最佳内参基因是实现荧光定量PCR结果准确性的必要前提，对于探讨基因的表达情况、基因功能研究等方面起到至关重要的作用。内参基因稳定性高，才能准确地对目的基因达进行校正。然而内参基因的稳定性是相对的，在不同的细胞类型、试验环境中，相同的内参基因表达却不同。

近年来，植物内参基因的筛选已有许多报道，而对慈姑在不同试验中内参基因的筛选的报道还较少，也没有关于慈姑不同组织中内参基因的报道。利用实时荧光定量方法探究慈姑不同组织下功能基因的差异表达分析，就需要稳定可靠的内参因。因此，有必要对慈姑不同组织部位中内参基因进行筛选。

【发明内容】

鉴于上述内容，有必要挖掘慈菇的内参基因，可以很好针对对慈姑不同组织部位中内参基因进行筛选。

为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

慈姑内参基因C36425，所述内参基因C36425的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示。

本发明还包括检测所述慈姑内参基因C36425的引物对，所述引物对其上游序列如序列表SEQ ID NO.2所示，下游序列如序列表SEQ ID NO.3所示。

本发明还包括所述的慈姑内参基因C36425在慈菇不同组织进行荧光定量表达分析的应用。

进一步的，所述不同组织为慈姑的根、茎、叶片、匍匐茎、花和球茎。

进一步的，所述荧光定量表达分析优选的引物对其上游序列如序列表SEQ IDNO.2所示，下游序列如序列表SEQ ID NO.3所示。

进一步的，所述荧光定量表达分析的PCR反应体系为：2X SYBR Green MasterMix10μl、10μM上游引物0.4μl、10μM下游引物0.4μl、ddH₂O 7.2μl、cDNA2μl；反应程序为：预变性95℃，5min；95℃变性10s，55℃退火10s，总共45个循环；采集荧光信号。

本发明的慈姑内参基因C36425，筛选方法为：1、采集慈姑的根、茎、叶片、匍匐茎、花和球茎为材料，提取慈姑不同组织的RNA；2、合成相应的慈姑球茎cDNA；3、根据不同基因设计不同引物并在荧光定量PCR仪上进行反应，绘制溶解曲线，进行稳定性分析，获得稳定性好、表达效果好的内参基因。

本发明具有如下有益效果：