[发明专利]一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种的单倍体标记及其应用

说明书

本发明公开了一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种的单倍型标记，属于分子生物学技术领域。所述单倍型标记由5个SNP位点组成，其中5个SNP位点分别位于Genbank上的登录号为NC_006126.4的基因组序列的第34397、3898880、4061586、4061589、5040743位位点处，分别存在C/A、A/G、G/A、T/C和C/C多态性。本发明公开的单倍型标记具有高特异性和高容错率，利于满足育种或市场需求，准确鉴别茶花鸡品种。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，涉及一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种的单倍体标记及其应用。

背景技术

茶花鸡主要分布于云南西部、南部等地，由野生红色原鸡经长期驯化而成，具有适应性强、早熟、肉鲜美等特点。是我国极其宝贵的家禽遗传资源之一，也是重要的育种素材。

鸡的性染色体属于雄性纯合系统(公鸡ZZ，母鸡ZW)，W染色体为Z染色体高度浓缩后的拷贝，一般认为W染色体上存留下来的基因对机体的生长发育发挥重要的作用。近年来，性染色体多态性已成为研究人类和动物起源进化十分有效的遗传标记。因此利用W染色体为目标，筛选出茶花鸡特异的单核苷酸多态性(SNP)变异位点，并组建成单倍型，用于茶花鸡的品种鉴别是可行且准确的。但是目前用于动物品种鉴定多采用形态学标记分析等常规手段，虽然常规的形态学标记分析经济且简便，但是形态学特征容易受到环境因素的影响，具有表型可塑性和遗传可变性，容易导致不正确的鉴别结果出现。随着分子生物学的不断深入发展，SNP位点标记分析在动物品种鉴定中也不断推广和应用，但是由于鸡W染色体基因背景的复杂性，单个SNP鉴别动物群体的方法已经不能满足目前国内家禽配套系对于目标定位越来越精细的要求。因此，亟需寻求一种能够准确定位分析茶花鸡品种的新方法，以满足市场和科研的需求。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种的单倍体标记及其应用，通过不同鸡品种间的基因序列对比，筛选出W染色体上特异性SNP位点，并以该位点为靶向位点设计探针，再通过重新测序验证这些SNP位点，以在不同鸡品种中准确鉴别出茶花鸡。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供了一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种的单倍型标记，所述单倍型标记是由SNP1-SNP5 5个SNP位点组成，其中，

SNP1位点所在基因组位置为34397bp，该处存在C/A多态性；

SNP2位点所在基因组位置为3898880bp，该处存在A/G多态性；

SNP3位点所在基因组位置为4061586bp，该处存在G/A多态性；

SNP4位点所在基因组位置为4061589bp，该处存在T/C多态性；

SNP5位点所在基因组位置为5040743bp，该处存在C/C多态性；

所述基因组的核苷酸序列为Genbank上的登录号NC_006126.4(登陆网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_006126.4)。

优选的是，当SNP1-SNP5 5个SNP位点组成单倍型为CAAGGATCCC时，对应鸡品种为茶花鸡。

本发明还提供一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种的探针，所述探针的核苷酸序列如SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：5所示，所述探针是以中所述的5个SNP位点为靶向位点设计。

本发明还提供一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种用的产品，包括所述的探针。

优选的是，所述产品为检测试剂盒或液相芯片。

本发明还提供一种基于性染色体鉴别茶花鸡品种用的检测方法，采用所述的探针，或所述的检测试剂盒进行检测。