[发明专利]一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用。本发明提供了检测如下14个SNP位点基因型的物质在鉴定或辅助鉴定奶牛产奶性状中的应用：1:g.145667090CT、1:g.145668599CG、1:g.145669859TC、1:g.145673966TC、1:g.145676602GA、1:g.145676653TC、1:g.145677680CT、1:g.145677709AG、1:g.145677953AG等；各个位点与305天产奶量、乳脂量、乳脂率、乳蛋白量或乳蛋白率相关，可用于奶牛选育。

技术领域

本发明涉及一种分子标记及其应用；特别涉及一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用，属于生物技术领域。

背景技术

VI型胶原α1链(collagen type VI alpha 1chain,COL6A1)是一个蛋白质超家族。VI型胶原蛋白是细胞外基质蛋白，是微纤维的主要结构成分，由α1(VI)、α2(VI)和α3(VI)链的异源三聚体作为其共同的结构元件。VI型胶原蛋白具有相当重要的意义，在维持各种组织的完整性中发挥作用，是连接细胞与其周围环境的锚定网络(Everts等人，1998年；Kuo等人，1997年)。

研究表明，胶原蛋白VI是乳腺细胞外基质的重要组成成分(Siu等人，2008年)。VI型胶原的多域结构不仅使其适合与细胞外环境成分(如II型胶原、核心蛋白聚糖、纤维调节蛋白、透明质酸和纤维连接蛋白)的相互作用，而且可以通过整合素与细胞表面特异性结合(Loeser等人1997)。根据其可能与细胞的相互作用，VI型胶原在各组织中均有表达(Chang和Poole等人，1996；Chang等人，1997；Hagiwara等人，1993；Hambach等人，1998；Poole等人，1992)。COL6A1基因的缺失会影响乳腺癌细胞间充质表型和干性。同时，COL6A1参与Fzd7-Wnt5b信号传导，诱导乳腺瘤的发生和转移(Ping等人，2020)。

牛的COL6A1基因位于第1号染色体上，全长19247bp(ARS-UCD1.2)，包含35个外显子和34个内含子，其mRNA全长3084bp，共编码1027个氨基酸。

聚合酶链式反应(PCR)技术是一种特异性DNA体外扩增技术。以少量的DNA为模板，经过变性-退火-延伸的多次循环，以接近指数扩增的形式产生大量的目标DNA分子，目前，该技术已经成为最常用、也最重要的分子生物学技术之一。PCR产物经过琼脂糖凝胶电泳后测序即可进行基因多态的鉴定工作，检测方法简单易行。

发明内容

本发明一个目的是提供用于检测如下14个SNP位点中至少一种SNP位点的基因型的物质的如下用途。

本发明提供了用于检测如下14个SNP位点中至少一种SNP位点的基因型的物质在鉴定或辅助鉴定奶牛产奶性状中的应用；

所述14个SNP位点为SNP位点1:g.145667090CT、SNP位点1:g.145668599CG、SNP位点1:g.145669859TC、SNP位点1:g.145673966TC、SNP位点1:g.145676602GA、SNP位点1:g.145676653TC、SNP位点1:g.145677680CT、SNP位点1:g.145677709AG、SNP位点1:g.145677953AG、SNP位点1:g.145682517GA、SNP位点1:g.145682638AG、SNP位点1:g.145684727GA、SNP位点1:g.145686763TC和SNP位点1:g.145686889CT。

如下14个SNP位点中至少一种SNP位点作为检测靶标在鉴定或辅助鉴定奶牛产奶性状中的应用也是本发明保护的范围；