[发明专利]一种用于检测奶牛产奶性状的COL5A3基因SNPs标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测奶牛产奶性状的COL5A3基因SNPs标记及其应用。本发明提供了用于检测SNP甲基因型的物质和/或用于检测SNP乙基因型的物质在鉴定或辅助鉴定奶牛产奶性状中的应用；所述SNP甲为7:g.14587807CA；所述SNP乙为7:g.14587168GA。本发明公开的分子标记可以应用于辅助鉴定具有优良产奶性状的牛群体，具有如下优点：简便、快速、灵敏，结果可靠、稳定、准确，适合实验室大群体规模检测的需要。

技术领域

本发明涉及一种分子标记及其应用，特别涉及一种用于检测奶牛产奶性状的COL5A3基因SNPs标记及其应用，属于生物技术领域。

背景技术

V型胶原α3链(collagen type V alpha 3chain，COL5A3)编码一个低丰度纤维胶原的α链。原纤维胶原分子是由一种或多种α链组成的三聚体。V型胶原存在于含有I型胶原的组织中，并且由I型和V型胶原组成的异型纤维。COL5A3基因产物与XI型胶原密切相关，V型和XI型胶原链可能构成具有组织特异性链组合的单一胶原类型。

胶原V广泛表达为α1(V)和α2(V)异源三聚体，调节胶原纤维的几何结构和强度，α1(V)、α2(V)和α3(V)异质三聚体特异性较差，在各种组织中广泛表达，如白色脂肪组织(WAT)、胰岛和骨骼肌。研究表明，COL5A3缺失会导致雌性小鼠皮肤脂肪减少，对高脂肪饮食诱导的体重增加有抵抗力。同时导致雄性和雌性突变小鼠存在葡萄糖不耐受、胰岛素抵抗和高血糖，并且这些代谢缺陷随着年龄的增长而恶化。COL5A3缺失小鼠显示胰岛数量减少，胰岛更易受链脲佐菌素诱导的凋亡影响，从突变小鼠分离的胰岛显示葡萄糖刺激的胰岛素分泌减弱。COL5A3缺失会抑制响应胰岛素分泌时骨骼肌葡萄糖摄取和细胞内GLUT4葡萄糖转运，进而影响特殊细胞(如脂肪细胞、β细胞和骨骼肌)的正常发育和功能(Huang等人，2011年)。另外，对糖尿病小鼠与非糖尿病小鼠肝脏组织进行RNA测序后发现COL5A3基因表达存在显著差异(Abu-Toamih等人，2019年)。细胞周α3(V)胶原可以影响细胞的功能，如脂肪细胞和胰岛β细胞。另有研究表明α3(V)链是正常乳腺基底细胞的丰富产物，并且在小鼠乳腺肿瘤模型中α3(V)消融通过降低肿瘤细胞的增殖潜能来抑制乳腺肿瘤的进展(Huang等人，2017年)。

牛的COL5A3基因位于第7号染色体上，全长44703bp(ARS-UCD1.2)，包含67个外显子和66个内含子。其mRNA全长6216bp，共编码1745个氨基酸。

聚合酶链式反应(PCR)技术是一种特异性DNA体外扩增技术。以少量的DNA为模板，经过变性-退火-延伸的多次循环，以接近指数扩增的形式产生大量的目标DNA分子，目前，该技术已经成为最常用、也最重要的分子生物学技术之一。PCR产物经过琼脂糖凝胶电泳后测序即可进行基因多态的鉴定工作，检测方法简单易行。

发明内容

本发明一个目的是提供用于检测SNP甲基因型的物质和/或用于检测SNP乙基因型的物质的如下应用。

本发明提供了用于检测SNP甲基因型的物质和/或用于检测SNP乙基因型的物质在鉴定或辅助鉴定奶牛产奶性状中的应用；

所述SNP甲为7:g.14587807CA；

所述SNP乙为7:g.14587168GA。

上述SNP甲和/或SNP乙作为检测靶标在鉴定或辅助鉴定奶牛产奶性状中的应用也是本发明保护的范围；

所述SNP甲为7:g.14587807CA；

所述SNP乙为7:g.14587168GA。

上述应用中，所述产奶性状为产奶量和/或乳脂量和/或乳蛋白量。

在本发明的实施例中，上述用于检测SNP甲基因型的物质为用于扩增该位点的引物对5F和5R或特异结合该位点的探针1；