[发明专利]用于癌症检测的血浆DNA突变分析

说明书

可以将经历针对癌症的筛选或监测的受试者的生物样品(例如血浆或血清)中的体细胞突变频率与同一受试者的组成型DNA中的体细胞突变频率比较。参数可以来源于这些频率并且将其用于确定癌症等级的分类。可以通过要求任何变异基因座都具有至少规定数目的变异序列读取(标签)来将假阳性过滤掉，由此提供更准确的参数。可以分析不同变异基因座的相对频率以测定患者中肿瘤的异质性等级。

相关申请的交叉引用

本申请是申请号为201711070698.4的中国申请的分案申请，而申请号为201711070698.4的中国申请是申请号为201380042981.X的中国国家阶段申请的分案申请。本申请是2012年6月21日提交的标题是“用于癌症检测的血浆DNA突变分析(MUTATIONALANALYSIS OF PLASMA DNA FOR CANCER DETECTION)”的美国临时专利申请第61/662,878号、2012年8月13日提交的标题是“用于癌症检测的血浆DNA突变分析”的美国临时专利申请第61/682,725号、2012年8月31日提交的标题是“用于癌症检测的血浆DNA突变分析”的美国临时专利申请第61/695,795号、和2012年10月8日提交的标题是“用于癌症检测的血浆DNA突变分析”的美国临时专利申请第61/711,172号的非临时申请，并且要求所述临时专利申请的权益，所述临时专利申请以全文引用的方式并入本文中用于所有目的。

背景技术

已经显示，肿瘤来源的DNA存在于癌症患者的无细胞的血浆/血清中(陈XQ(ChenXQ)等人自然医学(Nat Med)1996；2:1033-1035)。大多数现行方法基于对已知与癌症相关的突变进行直接分析(迪尔F(Diehl F)等人美国国家科学院院刊(Proc Natl Acad Sci)2005；102:16368-16373；弗休T(Forshew T)等人科学·转化医学(Sci Transl Med)2012；4:136ra68)。另一种方法已经研究了通过对血浆DNA进行随机测序而检测的癌症相关基因组拷贝数变异(洛(Lo)等人的美国专利公开2013/0040824)。

已知随着时间，多于一种癌细胞将获得生长优势并且产生多个子代细胞克隆。最终，肿瘤的生长和/或其转移灶将含有多种克隆癌细胞群的聚结物。此现象典型地称为肿瘤异质性(格林杰M(Gerlinger M)等人新英格兰医学杂志(N Engl J Med)2012；366:883-892；叶TA(Yap TA)等人科学·转化医学2012；4:127ps10)。

已知癌症是高度异质的，即相同组织类型的癌症的突变分布可以大幅变化。因此，对特定突变进行直接分析典型地仅可以检测已知与那些特定突变相关的特定癌症类型内的病例的子集。另外，肿瘤来源的DNA通常是人类血浆中DNA的微量物质；血浆中DNA的绝对浓度低。因此，即使在患有已知具有标靶突变的癌症的患者中，直接检测血浆或血清中某一或某一小批癌症相关的突变也可能会获得低分析敏感性。此外，已经显示，即使在单一肿瘤内就突变来说也存在显著瘤内异质性。突变可以仅见于肿瘤细胞的亚群中。原发性肿瘤与转移性病变之间的突变分布差异甚至更大。一个关于瘤内和原发性-转移性间的异质性的实例包括罹患结肠直肠癌的患者中的KRAS、BRAF和PIK3CA基因(巴尔杜斯(Baldus)等人临床癌症研究(Clin Cancer Research)2010.16:790-9.)。

在其中患者具有原发性肿瘤(携带KRAS突变但无PIK3CA突变)和隐蔽转移性病变(携带PIK3CA突变但无KRAS突变)的情形下，如果集中于检测原发性肿瘤中的KRAS突变，那么无法检测隐蔽转移性病变。然而，如果在分析中包括两种突变，那么可以检测原发性肿瘤和隐蔽转移性病变两者。因此，包括两种突变的测试在残余肿瘤组织的检测中将具有更高敏感性。当针对癌症进行筛选时，当拥有极少或不拥有关于可能出现的突变类型的信息，这种简单实例变得更复杂。

因此需要提供新技术，以便针对癌症执行广泛筛选、检测或评估。

发明内容