[发明专利]循环核酸肿瘤标志物的鉴别和用途

权利要求书

1. 一种在有需要的受试者中检测、诊断、预测癌症或选择癌症疗法的方法，所述方法包括：

(a) 获得源自于受试者的无细胞DNA(cfDNA)样品的序列信息；及

(b) 用来自于(a)的序列信息检测所述样品中的循环肿瘤DNA (ctDNA)，其中所述方法能够检测的ctDNA的百分比小于或等于总cfDNA的2%。

2.权利要求1所述的方法，其中所述方法能够检测的ctDNA的百分比小于或等于总cfDNA的1.75%、1.5%、1.25%、1%、0.75%、0.50%、0.25%、0.1%、0.9%、0.8%、0.7%、0.6%、0.5%、0.4%、0.3%、0.2%、0.1%、0.05%、0.01%、0.009%、0.008%、0.007%、0.006%、0.005%、0.004%、0.003%、0.002%、0.001%、0.0005%或0.00001%。

3.权利要求1所述的方法，其中所述样品是血浆、血清、汗、呼吸、眼泪、唾液、尿、大便、羊水或脑脊液样品。

4.权利要求1所述的方法，其中所述样品不是帕氏涂片、囊肿液或胰液样品。

5.权利要求1所述的方法，其中所述序列信息包含与至少2、3、5、8、10、20、30、40、100、200、或300个基因组区域相关的信息。

6.权利要求5所述的方法，其中所述基因组区域包含外显子区域、内含子区域和未翻译区域中的两个或更多个。

7. 权利要求5所述的方法，其中所述基因组区域包含小于1.5兆碱基(Mb)、1 Mb、500kb、350 kb、100 kb、75 kb、50 kb或25 kb的基因组。

8.权利要求1所述的方法，其中所述序列信息包含属于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100或更多个基因组区域的信息，所述基因组区域来自含多个基因组区域的选择子集合。

9.权利要求8所述的方法，其中所述多个基因组区域基于包含基因组区域的选择子集合，所述基因组区域包含存在于癌症受试者群体的一个或多个受试者中的一个或多个突变。

10.权利要求8所述的方法，其中至少约5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、或95%的所述多个基因组区域基于包含基因组区域的选择子集合，所述基因组区域包含存在于癌症受试者群体的一个或多个受试者中的一个或多个突变。

11.权利要求9或10所述的方法，其中所述选择子集合包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100或更多个选自表2和-18中任何一个的基因组区域。

12.权利要求1所述的方法，其中所述获得步骤（a）的序列信息包括进行大规模的平行测序。

13.权利要求1所述的方法，其中所述获得步骤（a）的序列信息包括使用一个或多个衔接子。

14.权利要求13所述的方法，其中所述一个或多个衔接子包括含随机序列的分子条形码。

15.权利要求1所述的方法，其中使用步骤(b)的序列信息包括检测受试者基因组的所选区域中的SNVs、插入/缺失、拷贝数变体和重排中的一个或多个。