[发明专利]测定DNA甲基化的分析法和癌症的DNA甲基化标记

权利要求书

1.一种试剂组合，包含：

(i)至少三种甲基化敏感性限制核酸内切酶；

(ii)DNA引物对，用于对所述DNA样品中的至少第一、第二和第三不同基因组区域进行聚合酶链反应(PCR)扩增；

(iii)与所述第一、第二和第三不同基因组区域中的序列互补的荧光探针，用于定量检测从所述第一、第二和第三基因组区域扩增的序列，其中所述探针中的每一个包含不同荧光标记，其中：

(I)所述第一基因组区域是已知未甲基化的裂解对照物；

(II)所述第二基因组区域是拷贝数对照物，其不包括甲基化敏感性限制核酸内切酶的任何切点；以及

(III)所述第三基因组区域是第一测试区域，其具有未知量的甲基化且包括甲基化敏感性限制核酸内切酶的至少三个切点。

2.如权利要求1所述的试剂组合，进一步包含以下一种或多种：

(i)说明书；(ii)热启动DNA聚合酶；iii)pH缓冲盐溶液；(iv)dNTP；和(v)DNA对照样品。

3.根据权利要求1所述的试剂组合，进一步包含PCR增强剂。

4.根据权利要求3所述的用途，其中所述PCR增强剂包含DMSO。

5.根据权利要求1所述的试剂组合，其中所述至少三种甲基化敏感性限制核酸内切酶选自AciI、HpyCH4IV、HinP1l和HpaII。

6.根据权利要求1所述的试剂组合，其中所述至少三种甲基化敏感性限制核酸内切酶选自AciI、HinP1l和HpaII。

7.根据权利要求1所述的试剂组合，其中所述第一基因组区域是管家基因的基因组区域。

8.根据权利要求7所述的试剂组合，其中所述管家基因是GAPDH。

9.根据权利要求1所述的试剂组合，其中所述第二基因组区域是所述POLR2A基因的基因组区域。

10.根据权利要求1所述的试剂组合，其中所述第三基因组区域选自表1A或表2中所提供的群组。

11.根据权利要求1所述的试剂组合，其中所述第三基因组区域选自由以下组成的群组：DMRTA2、EVX2、Unk21、OTX1、SOX1、SEPT9、Unk05、Unk09、GALR1、Unk07、Unk19、TBX15、EEF1A2、TFAP2B、DCHS2和SOX17。

12.根据权利要求1所述的试剂组合，还包括用于对第四基因组区域进行聚合酶链反应(PCR)扩增的DNA引物对和与第四基因组区域中的序列互补的荧光探针，其中所述第四基因组区域是第二测试区域，其具有未知量的甲基化且包括甲基化敏感性限制核酸内切酶的至少三个切点。

13.根据权利要求12所述的试剂组合，其中所述第四基因组区域选自表1A或表2中所提供的群组。

14.根据权利要求12所述的试剂组合，其中所述第四基因组区域选自由以下组成的群组：DMRTA2、EVX2、Unk21、OTX1、SOX1、SEPT9、Unk05、Unk09、GALR1、Unk07、Unk19、TBX15、EEF1A2、TFAP2B、DCHS2和SOX17。

15.根据权利要求12所述的试剂组合，还包括用于对第五基因组区域进行聚合酶链反应(PCR)扩增的DNA引物对和与第五基因组区域中的序列互补的荧光探针，其中所述第五基因组区域是第三测试区域，其具有未知量的甲基化且包括甲基化敏感性限制核酸内切酶的至少三个切点。

16.根据权利要求15所述的试剂组合，其中所述第五基因组区域选自表1A或表2中所提供的群组。