[发明专利]与莲根状茎膨大性状主效QTL位点连锁的SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种与莲根状茎膨大性状主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用，所述主效QTL位点位于1号连锁群；其区间范围为10.430cM～11.043cM；所述主效QTL位点连锁的SNP分子标记为3个，分别为SNP1～SNP3，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1～3；其中，各标记序列中第251位碱基均为多态性位点，所述分子标记SNP1～SNP3的多态性位点分别为T/C、C/T、T/G。本发明首次定位了控制莲根状茎膨大性状的主效QTL位点，并开发出与其连锁的SNP分子标记。通过开发的SNP分子标记即可在莲幼苗期进行检测，筛选目标根状茎膨大性状的植株，有效缩短育种周期，大大提高选择效率。

技术领域

本发明涉及属于分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及一种与莲根状茎膨大性状主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)是睡莲科(Nymphaeaceae)莲属(Nelumbo Adans)多年生水生蔬菜类植物，也是一种兼具经济价值、生态观光和文化价值的作物，主要通过根状茎进行无性繁殖。莲根状茎由莲顶芽和侧芽抽生而成，生长前期根状茎呈莲鞭状，后期根状茎膨大结藕，即为莲的食用部分。莲经过长期的人工驯化可分为藕莲、子莲、花莲三种栽培类型。藕莲以食用根状茎为用，根状茎在生长后期膨大结藕。花莲以观赏荷花为主，在整个生长期根状茎不膨大，呈长条状，即为莲鞭。莲是我国栽培面积最大的水生蔬菜，主要产区集中在湖北、江苏、江西、安徽、河南、山东等省。湖北省是我国藕莲种植面积最大的省份，经济效益显著。根状茎膨大性状是藕莲的重要农艺性状，与藕莲产量和商品性紧密相关。因此研究根状茎膨大机理对藕莲的品种选育有长远指导意义。

近年来，随着基因组测序技术的兴起，分子标记辅助遗传育种发展迅速。相比常规育种过程，利用分子标记辅助遗传育种可以减少育种盲目性、缩短育种周期、提高选择效率。目前，主要用于辅助育种的分子标记有简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)标记、插入/缺失多态性(Insertion/Deletion，InDel)标记和单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)标记，相比SSR和InDel标记，SNP标记具有操作简单、高效批量、可重复性高等优点。

现阶段鲜有利用分子标记技术研究莲根状茎膨大机理的报道，莲育种仍主要通过常规杂交育种，收获杂交后代莲子进行单粒播种，待结藕后挖取莲根状茎进行性状评价，育种工作量大、育种周期长、效率低。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供了一种与莲根状茎膨大性状主效QTL位点连锁的SNP分子标记及其在莲遗传育种中的应用，本发明利用根状茎膨大表型有明显差异的2个亲本构建F2群体，利用全基因组重测序构建高密度遗传图谱，检测到1个根状茎膨大主效QTL位点，并利用重测序数据开发出3个SNP标记在F2群体中进行了验证；3个SNP分子标记依次命名为SNP1、SNP2、SNP3，所述标记SNP1-SNP3的核苷酸序列分别如序列表中SEQ ID NO:1-3所示，各标记第251位碱基为多态性位点；其中SNP1等位变异碱基为T/C，SNP2等位变异碱基为C/T，SNP3等位变异碱基为T/G。

为实现上述目的，本发明所设计一种与莲根状茎膨大性状主效QTL位点连锁的SNP分子标记，所述主效QTL位点位于1号连锁群；其区间范围为10.430cM～11.043cM；所述主效QTL位点连锁的SNP分子标记为3个，分别为SNP1～SNP3，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1～3；其中，各标记序列中第251位碱基均为多态性位点，所述分子标记SNP1～SNP3的多态性位点分别为T/C、C/T、T/G。

本发明还提供了一种用于检测权利要求1所述SNP分子标记的KASP引物组，所述引物组如下：

本发明还提供了一种含有上述引物的检测试剂/试剂盒。