[发明专利]苹果砧木特异性分子标记位点及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了6个矮化品种苹果砧木特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，筛选，验证，获得准确鉴定6种苹果砧木的14096个SNP标记位点；（4）在14096个SNP标记位点当中，根据每个位点能够区分砧木的类别可以组合出几千组能够高效鉴别6种砧木的SNP位点标记群；（5）基于这些位点标记开发出两种简便、快速、准确鉴定6种矮化品种苹果砧木的方法，为确保科研部门、苗木繁育和果园种植企业准确识别、控制苹果砧木品种奠定技术基础。

技术领域

本发明涉及6个矮化品种苹果砧木特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物技术领域。

背景技术

苹果为蔷薇科(Rosaceae)苹果亚科(Maloideae)苹果属(Malus MILL.)植物，是我国主栽果树之一。我国苹果种植面积和产量占全世界40％，栽培模式以传统的乔化或矮化中间砧为主。矮砧密植栽培是世界苹果主要栽培模式，先进苹果生产国新建果园几乎都采用矮化自根砧木，其优势在于产量高、见效快、易于新品种更新、管理成本低，节约劳动力。法国对苹果营养系砧木的应用较广泛，全国已有85％以上的苹果树为M系的矮化砧和半矮化砧。荷兰是欧洲应用矮化砧较普遍的国家之一，由于利用矮化砧使苹果生产一跃成为主要出口国之一。现在全国约有70％以上的苹果树是用M系砧木嫁接的。随着我国劳动力紧缺矛盾日益突出，新品种的快速优化更新，矮砧密植栽培模式正逐步替代传统果园种植模式。国外引进矮化自根砧经过十几年的试验示范推广，目前已在新建果园广泛采用，且产生极为明显的生产优势。

M系砧木1912年由英国东茂林实验站育成，之后各国以M系其它品种砧木杂交，育成M系和MM系砧木，其中以荷兰木本植物苗圃检测服务中心育出的脱毒矮化砧木优系M9-T337(NAKB-T337)在世界各国应用最为成功、广泛，特点是树体矮小，结果早，易早期丰产，耐盐碱，较耐湿。

B系砧木是是苏联米丘林园艺大学作为耐严酷冬寒砧木而推广的矮化砧木，M8与Red Standard杂交育成。其中以B9应用较广，对颈腐病有一定的抗性，对白粉病和苹果黑星病具有中等抵抗力。最大特点是抗寒、抗霜冻，能耐-40℃的极端低温。

G系砧木由美国康奈尔大学纽约Geneva试验站选育，育种目标集中在生产能力、抗寒性、抗病虫能力(主要是火疫病和重茬病)等方面。该系列砧木的主要特点就是高产、抗病、抗重茬，这也是近十几年来世界苹果矮化砧木的最突出成就。

M111、N9、B9、G11、M26和M9是我国苹果砧木的主要推广应用品种，适合我国不同苹果种植区域，近几年在我国广泛应用。由于矮化砧木系品系多，形态差异小且不易鉴别，因此对品系的准确鉴定对科研部门新品种选育、资源苗圃建立、企业苗木繁育销售、果园苗木种植生产等环节具有重大意义。

发明内容

近年来测序技术的发展，在品种特异的遗传标记筛选及品种鉴定工作中呈现独特的优势。本发明提供一种6种苹果砧木的特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，共筛选到14096个品种特异性的SNP位点，基于这些位点开发出两种简便、快速、可靠鉴定6种苹果砧木的方法，为从源头上准确控制苹果品种奠定技术基础。

为解决上述技术问题，本发明采用下述技术方案予以实现：

首先，本发明提供一种利用简化基因组测序技术Super-GBS筛选6种苹果砧木的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：

(1)利用品种已知且准确的4株M111、3株N9、4株B9、4株G11、5株M26、4株M9苹果砧木为样品，取叶片提取基因组DNA；

(2)按照简化基因组测序技术Super-GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；

(3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；