[发明专利]一种SNP分型检测方法

权利要求书

1.一种SNP分型检测方法，所述方法包括以下步骤：

(I)使待测DNA与基因芯片杂交，所述基因芯片上固定有磷酸化的芯片探针，所述芯片探针朝外的5’端最后一个碱基为U碱基，所述芯片探针中紧邻U碱基下游3’方向的序列与所述待测DNA中紧邻SNP位点上游5’方向的序列反向互补，所述SNP位点与U碱基的位置相对应；

(II)加入随机引物或特异性引物、dNTP和DNA聚合酶，合成与所述待测DNA中紧邻所述SNP位点下游3’方向的序列反向互补的序列；

(III)加入能够催化U碱基切割的酶和能够催化AP位点的3’和5’端磷酸二酯键断裂的酶，在所述U碱基的位置处产生核苷酸缺口；

(IV)加入DNA聚合酶和DNA连接酶，以及带有生物标记物的dATP、dTTP、dCTP、dGTP、dUTP中的一种或多种；

(V)针对所述生物标记物对基因芯片进行检测，以确定所述SNP位点的基因型。

2.如权利要求1所述的方法，其中步骤(III)中所述的能够催化U碱基切割的酶是尿嘧啶DNA糖基化酶。

3.如权利要求1所述的方法，其中步骤(III)中所述的能够催化AP位点的3’和5’端磷酸二酯键断裂的酶是AP内切酶。

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中在步骤(II)中，另外加入DNA连接酶；并且在步骤(III)之后、并且在步骤(IV)之前，加入具有3’磷酸酯酶活性的酶。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述具有3’磷酸酯酶活性的酶是多聚核苷酸激酶。

6.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中步骤(II)和步骤(IV)中所述的DNA聚合酶是T4 DNA聚合酶。

7.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中步骤(IV)中所述的DNA连接酶是E.coliDNA连接酶。

8.如权利要求4所述的方法，其中步骤(II)中所述的DNA连接酶是E.coli DNA连接酶。

9.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中在步骤(IV)之后、并且在步骤(V)之前，用碱溶液进行洗涤。

10.包含5’端最后一个碱基为U碱基的芯片探针的基因芯片用于SNP分型检测的用途，其中所述芯片探针中紧邻U碱基下游3’方向的序列与待测DNA中紧邻SNP位点上游5’方向的序列反向互补，所述SNP位点与U碱基的位置相对应。