[发明专利]一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法在审
申请号: | 202110601310.9 | 申请日: | 2021-05-31 |
公开(公告)号: | CN113203860A | 公开(公告)日: | 2021-08-03 |
发明(设计)人: | 施巍炜 | 申请(专利权)人: | 苏州崛起医疗科技有限公司 |
主分类号: | G01N33/574 | 分类号: | G01N33/574;C12Q1/6858 |
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地址: | 215400 江苏省苏州*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 胰腺 导管 腺癌 动态 监控 评估 方法 | ||
1.一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,包括以下操作步骤:
S1:选取140个PDAC术后病人为试验检测对象,抽取每个检测对象在术前,术后每个月,直到影像学进展的静脉全血10毫升,采用离心方法,去掉血细胞,得到血清,如果对象离中心实验室离心处理有4个小时的间隔,可以采用含有乙二胺四乙酸 (EDTA)的普通血液收集管收集,之后冰袋运输即可;
S2:选取血清1毫升,平均分为2份,分别对两个蛋白,包括CA19-9、THBS2(即血小板反应蛋白2)进行用酶联免疫吸附测定(ELISA)方法检测,这里所用的抗体为商业化抗体,操作按照标准ELISA的方法进行;
S3:剩余的大约4毫升血清, 首先抽提CELL FREE DNA(即cf-DNA);
S4:上面步骤的CF-DNA产物大约为50纳克左右,其中的10纳克进行对KRAS基因的下一代测序(NGS)检测突变检测,首先,采用多重PCR的方法捕获和富集7种常见的KRAS突变,捕获和扩增富集后的产物,按照ILLUMINA的测序文库搭建方法建立文库,在ILLUMINA测序仪(MYSEQ或NOVASEQ)上进行标准的测序过程,测序深度为1万层;
S5:另外的40纳克对两个甲基化位点进行NGS的甲基化的检测,简单地说,就是首先用亚硫酸氢盐处理对象DNA,甲基化的胞嘧啶碱基不变,而未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,随后按照标准的测序方法进行建库,测序;
S6:根据机器学习模型(采用随机森林的方法,该方法的参数使用默认参数)的综合打分,给出胰腺导管腺癌(PDAC)的复发风险得分,该得分的阈值根据数学统计模型得出,在阈值以上的个人认为是肿瘤早期复发可能的患者,PDAC术后的病人建议积极的临床干预行为。
2.根据权利要求1所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述S1步骤中的离心方法采用低速离心的方法,转速可设置在4000转/分钟,离心时间设置5分钟,温度设置在4摄氏度。
3.根据权利要求1所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述S2步骤中CA19-9与血小板反应蛋白2分别混合0.5毫升的血清进行酶联免疫吸附测定。
4.根据权利要求3所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述CA19-9为肿瘤标志物,是反映肿瘤存在的化学类物质。
5.根据权利要求1所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述S3步骤中提取的CF-DNA产物以1:4的比例进行测序检测与甲基化检测。
6.根据权利要求1所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述S5步骤中加入的亚硫酸氢钠是一种无机物,化学式为NaHSO3,为白色结晶性粉末,有二氧化硫的不愉快气味,暴露空气中失去部分二氧化硫,同时氧化成硫酸盐。
7.根据权利要求1所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述S5步骤中NGS的甲基化的检测采用的方法是在亚硫酸氢盐测序法 (BSP)的标准流程上的修改。
8.根据权利要求1所述的一种用于胰腺导管腺癌的动态监控评估方法,其特征在于:所述S6步骤中对PDAC术后的病人的动态监控模型构建样品是肿瘤病人手术后每个月(直到影像学复发)的采血。
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