[发明专利]用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及应用

说明书

本发明涉及分子生物学技术领域，提供了一种用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及应用。本发明在构建鹿系统发育树的基础上，采用群体间遗传分化指数Fst对重测序结果中的SNP位点进行筛选，并通过排除中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列和G‑C转变和A‑T转变位点，进一步提高得到的SNP位点质量，最终得到大量能够用于杂交鹿血源含量评价的SNP位点，这些SNP位点组合作为芯片应用于杂交鹿血源含量检测时，能够精准区分F1～F3代杂交鹿，对梅花鹿保种、育种和鹿茸生产中具有重大应用价值。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体而言，涉及用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及应用。

背景技术

中国是梅花鹿养殖大国，拥有丰富的梅花鹿资源。但目前部分养殖者盲目追求鹿茸产量而无序杂交，导致纯种梅花鹿存栏数量急剧减少。通常的杂交方式为马鹿做母本，梅花鹿做父本，产生的F1代再与梅花鹿做父本杂交，得到的杂交鹿表现出明显的杂种优势，普遍适应性强，耐粗饲，抗病力强，性成熟早，生长发育快，产茸量高。但是，目前无法确定杂交鹿茸的药性药效。

并且，一般花马杂交鹿至F2代时，杂交鹿体型外貌特征与纯种梅花鹿极为相似，从体型、背线、花斑、臀斑等特征肉眼难以区分，同时，在很多位点上，杂交鹿已经出现与梅花鹿相同的纯合基因型，使得杂交鹿与纯种梅花鹿资源相互掺杂，给纯种梅花鹿的保种、育种工作带来了极大困难。目前，已见报道的用以品种鉴别的方法有很多，例如barcode条形码方法、基于线粒体序列的鉴别方法、利用Y染色体的基因鉴别方法或对于个体体型外貌进行打分评价等，但这些方法至多仅能实现种间鉴别，对于杂交后代，尤其是F2代杂交个体，基本均丧失了鉴别能力，因此，提供一种鉴别方法，使得能够在包含了杂交鹿的群体中准确鉴别出纯种梅花鹿，对于梅花鹿的保种、育种以及保障鹿茸药材的质量均具有重要意义。

鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供基于梅花鹿全基因组的SNP芯片的构建方法、构建方法得到的SNP芯片、构建方法得到的SNP芯片或SNP芯片在马鹿血源含量计算中的应用和马鹿血源含量检测方法，采用本发明提供的SNP筛选方法筛选得到的SNP位点制备成SNP芯片后用于杂交鹿的马鹿血源含量检测，能够显著提高检测准确率。

本发明是这样实现的：

第一方面，本发明提供了用于马鹿血源含量检测的SNP位点，所述SNP位点包括SNP0001～SNP1000，所述SNP0001～SNP1000对应的染色体位点如表1所示：

表1 SNP位点SNP0001～SNP1000对应的染色体位点

所述SNP0001～SNP1000对应的染色体信息来源于数据库Genome sequencearchive，上传号为CRA001393，对应梅花鹿基因组序列信息版本号为：MHL_v1.0。

第二方面，本发明提供了上述SNP位点的筛选方法包括，以鹿全基因组的重测序结果的保守区序列为依据构建系统发育树，利用系统发育树在重测序得到的初筛SNP位点中筛选群体间遗传分化指数Fst＞0.95的次筛SNP位点，排除次筛SNP位点中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列、G-C转换位点和A-T转换位点，得到终筛SNP位点。