[发明专利]一种HIV全基因组拼接和原发感染者中劣势耐药株的检测方法、试剂盒及其应用

权利要求书

1.一种用于检测HIV全基因组和/或HIV劣势耐药株和/或HIV基因组的基因型和/或HIV全基因组的耐药突变位点的序列组，其特征在于，所述序列组包括RT-PCR的引物序列、测序的接头序列；

优选地，所述RT-PCR的引物序列如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2所示；

优选地，所述测序的接头序列如SEQ ID NO:3-SEQ ID NO:194所示；

优选地，所述耐药基因的耐药突变位点位于HIV基因组的Pol基因上；

更优选地，所述Pol基因包含逆转录酶基因和蛋白酶基因；

优选地，所述耐药突变位点为抗病毒药物相关的耐药突变位点；

更优选地，所述抗病毒药物包括拉米夫定、阿巴卡韦、齐多夫定、恩曲他滨、替诺福韦、依非韦伦、依曲韦林；

更优选地，所述耐药突变位点包括I54、M184、K65、K103、Y181。

2.一种用于检测HIV全基因组和/或HIV劣势耐药株和/或HIV基因组的基因型和/或HIV全基因组的耐药突变位点的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如下试剂：

RT-PCR扩增试剂：如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2所示的扩增引物；

文库制备试剂：如SEQ ID NO:3-SEQ ID NO:194所示的接头序列；

优选地，所述耐药突变位点为抗病毒药物相关的耐药突变位点；

更优选地，所述抗病毒药物包括拉米夫定、阿巴卡韦、齐多夫定、恩曲他滨、替诺福韦、依非韦伦、依曲韦林；

更优选地，所述耐药突变位点包括I54、M184、K65、K103、Y181。

3.一种HIV的检测方法，其特征在于，所述方法包括方法A1和/或方法A2：

方法A1：一种敏感的HIV全基因组和/或HIV劣势耐药株的检测方法；

方法A2：一种敏感的HIV基因组的基因型和/或HIV全基因组的耐药突变位点的检测方法；

所述方法A1和A2均包括如下步骤：

(1)病毒核酸提取：提取待测样本中的HIV病毒RNA；

(2)引物设计和PCR扩增：采用权利要求1中所述的RT-PCR的引物序列进行HIV基因组的扩增；

(3)文库制备：采用权利要求1中所述的接头序列进行文库制备；

(4)测序分析：上机测序，并拼接序列上传分析，生成报告；

优选地，所述耐药突变位点为抗病毒药物相关的耐药突变位点；

更优选地，所述抗病毒药物包括拉米夫定、阿巴卡韦、齐多夫定、恩曲他滨、替诺福韦、依非韦伦、依曲韦林；

更优选地，所述耐药突变位点包括I54、M184、K65、K103、Y181。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤(1)中所述的待测样本包括血浆、血清、尿液。

5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤(2)中所述的HIV基因组的扩增包含HIV基因组的Pol基因的扩增；

优选地，所述的Pol基因包含逆转录酶基因和蛋白酶基因。

6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤(3)中所述的文库制备包括DNA片段化/末端修复/dA尾添加、接头连接、连接产物磁珠纯化、文库扩增与纯化。

7.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤(4)中所述的上机测序采用新一代高通量测序(NGS)技术进行；

优选地，步骤(4)中所述的报告中包括测序基本情况、病毒型别、变异的计算；

更优选地，所述测序基本情况包括Total reads数、HIV-mapping reads数、区段覆盖度、平均深度；

更优选地，所述变异的计算包括对每个位点的碱基变异及相应的氨基酸变异进行计算，并计算每个稳点测序深度与变异位点种类与占比情况。