[发明专利]梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了12个梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点，并对SNP进行过滤，以提高SNP的准确性；（4）根据每个品种的分型结果筛选12个梨品种中至少有一个品种与其他品种不同的位点；（5）根据上述筛选策略，最终筛选到4479个鉴定12个梨品种的SNP位点，在这些SNP位点当中，根据每个位点能够区分梨品种的类别可以组合出几千组能够高效鉴别12个梨品种的SNP位点标记群；（6）基于这些位点标记开发出两种简便、快速、可靠鉴定12个梨品种的方法，为确保科研部门、苗木繁育和果园种植企业准确识别、控制梨品种奠定技术基础。

技术领域

本发明涉及12个梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物技术领域。

背景技术

梨为蔷薇科(Rosaceae)梨亚科(Pomaceae)梨属(Pyrus L.)植物，是我国主栽果树之一，栽培面积和产量仅次于苹果。我国是世界梨的三大起源中心之一，也是梨生产第一大国，产量占全球总量的65％。梨属植物分为欧洲种群、地中海种群、中亚种群、东亚种群四大种群。秋子梨系统、西洋梨系统、白梨系统、砂梨系统是目前梨树的主要栽培品种。梨品种选育历史较长，目前在我国常见的品种有100多个，品种多、结构不合理，品种更新速度慢；良种苗木繁育体系不健全，苗木质量缺乏保障，梨园管理多采用传统模式，省力化栽培管理技术研发及应用不足是我国梨发展的制约因素。近年来，随着国外优良品种和栽培技术的引进，以及分子辅助育种技术应用，新优品种和栽培管理模式正在逐步进入和替代传统育种、繁育和种植模式。

本发明中的12个梨品种选自近年来我国主要梨种植产区推广的新优品种，性状优良，品质高端，占据梨产品的高端市场，是品种繁育部门和企业果园生产的主流产品。因此对这些品种品系的准确识别鉴定，对科研部门新品种选育、资源苗圃建立、企业苗木繁育销售、果园苗木种植生产等环节具有重大意义。

发明内容

本发明提供12个梨品种的特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，共筛选到4479个品种特异性的SNP标记，基于这些标记开发出两种简便、快速、可靠鉴定12个梨品种的方法，为从源头上准确控制梨品种奠定技术基础。

本发明采用下述技术方案予以实现：

提供一种利用简化基因组测序技术Super-GBS筛选12个梨品种的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：

(1)利用品种已知且准确的秋月梨、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金、豊水、JUMBO新高和幸水梨品种为样品，取叶片提取基因组DNA；

(2)按照简化基因组测序技术Super-GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；

(3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；

(4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；

(5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且与其他品种不同的位点；最终筛选到4479个SNP位点，具体见表1；

(6)利用4479个SNP位点或者其中的部分SNP位点构建进化树和聚类分析。

表1中，表头部分的数字1-12分别表示的品种是秋月梨、豊水、JUMBO新高、幸水、黄金梨、皇冠、早酥、锦丰、新梨7号、玉露香、香梨、华金。

其次，本发明提供一种利用PCR方法鉴定12个梨品种的方法，包括如下步骤：

(1)从表1的SNP位点中筛选几个SNP位点组合成能够鉴定12个梨品种的位点群；