[发明专利]基于多肽结构性指标预测新抗原的方法

权利要求书

1.基于多肽结构性指标预测新抗原的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S01，获取样品测序数据；

S02，识别样品体细胞变异；

S03，样品变异过滤；

S04，翻译变异序列为蛋白质；

S05，蛋白片段分割，并过滤人类正常蛋白质组中多肽；

S06，预测蛋白片段结构；

S07，计算相应多肽结构性指标；

S08，筛选新抗原。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，S01中，对肿瘤样品以及正常对照样品进行DNA测序，获取样品测序数据，样本测序数据中包括多个重叠或部分重叠的短读序列。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，S01中，获取肿瘤样品不小于500X深度测序数据以及正常对照200X深度测序数据；

和/或，S01中，采用全外显子测序或者Panel捕获测序。

4.根据权利要求1-3任一所述的方法，其特征在于，S02中，包括以下步骤：

S21，将肿瘤样品以及正常对照样品测序数据分别比对到参考基因组，定位短读序列在参考基因组上面的位置；

S22，对比对结果文件进行去除PCR重复处理；

S23，识别样品细胞变异；

优选地，还包括对样品测序数据进行过滤，去除低质量以及包含有接头或测序引物序列的reads，以及对比对结果进行碱基质量校正。

5.根据权利要求1-4任一所述的方法，其特征在于，S03中，包括以下步骤：

S31，过滤掉可信度较差的变异；

S32，根据注释结果过滤位于基因间区和内含子的变异以及同义变异；

优选地，所述可信度较差的变异包括变异支持reads数较少、同时出现在正常对照样品中的变异。

6.根据权利要求1-5任一所述的方法，其特征在于，S04中，在过滤后能产生蛋白质序列变化的变异结果中，根据基因组突变信息以及注释信息，构建突变转录本并根据翻译规则进行翻译，得到突变蛋白质序列。

7.根据权利要求1-6任一所述的方法，其特征在于，其特征在于，S05中，将得到的蛋白序列分割成长度为9～12的Kmer，并过滤人类正常蛋白质组中多肽。

8.根据权利要求1-7任一所述的方法，其特征在于，S06中，利用软件pep-fold将分割后的蛋白质序列输入，根据相应算法，可以得到该多肽的三级结构图以及蛋白质三维结构数据文件。

9.根据权利要求1-8任一所述的方法，其特征在于，S07中，利用Gromacs软件得到结构性指标的结果文件，通过分析，筛选出具有免疫原性的多肽。

10.根据权利要求1-9任一所述的方法，其特征在于，S08中，包括以下步骤：

S81，利用RMSF对多肽进行初步筛选；

S82，再利用SASA进行进一步的筛选；

优选地，筛选SASA的差值在0.2到1nm²之间的多肽。