[发明专利]一种基于低深度WGS评估HRD score的方法

说明书

本申请属于基因检测技术领域，具体公开一种基于低深度WGS评估HRD score的方法，其包括：处理待测样本的低深度WGS下机数据；以及以下三个步骤中的任意一个或多个步骤：步骤一：建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法，获得HRD‑LOH score；步骤二：建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法，获得HRD‑TAI score；和，步骤三：建立大片段迁移LST的计算方法，获得HRD‑LST score。本申请至少具有以下有益效果之一：本申请提供的基于低深度WGS评估HRD score的方法以低深度WGS测序形成的数据为基础进行分析，极大地降低了成本，有利于大规模的应用。

技术领域

本申请属于基因检测技术领域，更具体地说，它涉及一种基于低深度WGS评估HRDscore的方法。

背景技术

DNA双链断裂（double strand breaks）是一种DNA损伤类型，严重时会导致染色体的断裂和重排等，由于没有互补链进行修复，所以DNA序列难以恢复，造成遗传信息丢失，这种DNA双链断裂需要同源重组修复。若同源重组修复能力缺失即发生HRD，则会导致基因组丧失稳定性，在基因组不稳定的情况下容易积累DNA损伤，以此恶性循环，导致癌症发生。HRD对铂类或者PARP抑制剂的使用具有很重要的指导意义。

HRD一般由同源重组修复通路中基因变异或者表观变异引起，同源重组修复通路中包含BRCA1/2、Rad52/Rad22、PALB2、RAD51家族、BRIP1/BACH1、ATM和CHEK2等基因。研究表明存在BRCA1突变的女性，会存在50-85%和15-45%的概率罹患乳腺癌和卵巢癌。在乳腺癌中，遗传性BRCA1/2变异占大约7%，而在三阴性乳腺癌中能达到11%-15%。在家族性和偶发性乳腺癌患者中，估计有40%属于同源重组缺陷。尽管目前主要关注HRD在乳腺癌中的治疗，但是HRD在其他癌种中也是一个重要的指标。

目前，HRD的检测方法有以下两种：

HR基因芯片，芯片设计时包含同源重组通路基因，利用靶向捕获技术和二代测序技术，获得同源重组通路基因的测序数据，检测所有基因的SNV、Indel和largearrangement，缺点是可能会高估HRD，而且基于芯片检测时，芯片上的SNP位点是固定的，只能检测特定位点的变异，具有一定的局限性。

全基因组测序（WGS），对全基因组进行测序，检测染色体结构变异：包括杂合性缺失-LOH，端粒位点不平衡-TAI和大程度基因组不稳定性-LST来计算HRD score。优点是准确率高；缺点是成本相对较高。

发明内容

为了在保证灵敏度及准确率的情况下降低成本，本申请提供一种基于低深度WGS评估HRD score的方法，该方法以低深度WGS测序所获得数据为基础进行评估HRD score，其降低了成本，更适合于大规模应用于临床。

本申请是通过以下方案实现的：

本申请提供一种基于低深度WGS评估HRD score的方法，包括如下步骤：处理待测样本的低深度WGS下机数据；以及选自以下步骤中的任意一个或多个步骤：

步骤一：建立基因组杂合性缺失LOH的计算方法，获得HRD-LOH score；

步骤二：建立端粒等位基因不平衡TAI的计算方法，获得HRD-TAI score；和，

步骤三：建立大片段迁移LST的计算方法，获得HRD-LST score。

本申请以低深度WGS下机数据为基础，建立评估HRD score的方法，大大降低了全基因组测序（WGS）的成本，相较于HR基因芯片检测，本申请检测的位点更加灵活，检测待测样本的结果更加准确，符合待测样本真实情况。

在本申请的一个具体实施方式中，所述处理待测样本的低深度WGS下机数据具体包括：