[发明专利]基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法

权利要求书

1.一种基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于，包括实验环节和测序数据分析环节，所述实验环节采用磁珠片筛试剂盒，包括如下步骤，样本取样—分离—提取—建库—定量—上机—获得后台数据，所述样本为母体外周血；所述测序数据分析环节，包括如下步骤，测序数据获取-序列比对和过滤-GC校正-统计每个分辨率窗口的序列数值并归一化-对分辨率窗口的比例(R)值进行RUN内校正-计算分辨率窗口的Z-score值-胎儿DNA浓度(fc)预测-得出Z值、Zlength值和Z_S值-结果汇总分析。

2.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤测序数据获取，包括基于获取的母体外周血游离DNA，利用高通量测序平台对待测样品进行全基因组测序以获得待测样本的染色体测序数据以及来自背景库样本的染色体测序数据的过程。

3.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤序列比对和过滤，包括选择比对软件将半导体测序仪获得的原始序列数据与人类基因组参考序列进行序列比对，然后过滤无比对(ummaped)、低比对质量(MAPQ10)和多重复比对等对系统变异系数影响较大的序列，获得有效测序数据的过程。

4.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤GC校正，包括首先统计每0.1％GC范围内的所有20Kb窗口的序列数值(UR)并利用LOESS算法计算获得URloess，再通过所有20Kb窗口获得期望的序列数值URe的过程，最后校正后的序列数值URcorrected经如下公式计算得到：URcorrected＝UR-(URloess-URe)。

5.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤统计每个分辨率窗口的序列数值并归一化，包括对GC校正的窗口进行合并得到合适的分辨率窗口，对每个分辨率窗口，利用每个GC校正的窗口中经校正后的序列数值，统计出比对到该分辨率窗口的序列数值(reads number，RN)，然后对分辨率窗口的序列数值进行归一化处理得到每个分辨率窗口区段的比例(R)值的过程，所述比例(R)值经如下公式计算得到：公式中的n表示基因组的n个分辨率的窗口。

6.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤对分辨率窗口的比例(R)值进行RUN内校正，包括对每个分辨率窗口区段的比例值(R)，利用同批次上机样本的同一染色体区段的比例值集合，进行校正得到每个区段的RUN内校正后相对比例(CR)值的过程，所述校正后相对比例(CR)值经如下公式计算得到：公式中的k表示同批次上机样本中剔除异常值后的有效R值数。

7.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤计算分辨率窗口的Z-score值，包括定义该区域在普通人群样本中CR值的均值与标准差，进一步计算当前样本在该区域的Z-score值的过程，所述Z-score值经如下公式计算得到：

8.根据权利要求1所述的基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，其特征在于：所述步骤胎儿DNA浓度(fc)预测，使用的模型包括Y染色体比例的线性回归模型、基于游离DNA长度分布信息的线性回归模型、基于测序的片段分布的多元线性回归模型和基于人群多态性位点杂合频率的线性回归模型等方法计算得到。