[发明专利]用于肝癌早期诊断的组合标志物及其应用

说明书

本发明公开了用于肝癌早期诊断的组合标志物及其应用。本发明公开的用于肝癌早期诊断的组合标志物为FAM78A、MKL1、DCDC2、SR、BCL2L11、CYP1B1、PTPN7、AXIN1、SEMA4D、PROX1、SHH、AK055957、DAB2IP、TBX15、GRASP、PPFIA1和/或PSD4的甲基化，以及TERT和/或CTNNB1的突变。本发明通过检测血浆cfDNA中的基因组合的甲基化水平，进行肝癌检测，具有高度敏感性和特异性；在加入基因的突变检测的情况下，通过同时检测基因组合的甲基化和TERT基因、CTNNB1基因突变，有效提高早筛敏感性。

技术领域

本发明涉及生物医学领域中，用于肝癌早期诊断的组合标志物及其应用。

背景技术

肝癌，是高发的、危害极大的恶性肿瘤之一。但是目前肝癌的诊疗仍然面临着重大问题：早期诊断困难、复发转移率高、放化疗耐受和缺少有效治疗靶点等。而且对 于任何癌种，早筛始终是抗击癌症的关键性一步。

肝癌早期诊断的常规监测筛查指标主要包括甲胎蛋白(AFP)和肝脏超声检查(US)。 综合国内外的报道和临床实际，AFP诊断敏感性在60％左右，漏诊率为40％，特异性在 80％左右，误诊率为20％，也是美国肝病研究学会(AASLD)指南不再将AFP作为筛查 指标的一个重要原因。而超声检查对于大于20mm的结节，诊断符合率尚为84％，但对 于肝内5-20mm的结节，超声的敏感性就只有33％。因此，迫切需要研发新的肝癌早筛 生物标记物。

通过液体活检开发癌症早筛的技术最早在美国兴起，包括ctDNA、CTC和外泌体。相比传统的组织切片检测，其侵入性和副作用都要小得多，因此为癌症早筛带来了新 的希望。

其中ctDNA(循环肿瘤细胞DNA)是患者血液中游离的来自肿瘤的DNA，属于高敏 感性、高特异性的肿瘤标志物。其相当于肿瘤细胞释放到血液中的“身份指纹”，因 其携带有与原发肿瘤组织相一致的基因背景，因此理论上可以利用ctDNA对肝癌进行 诊断。ctDNA是cfDNA(Cell-free DNA)的一种。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何筛查肝癌患者，尤其是早期的筛查。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了一种用于肝癌诊断或辅助诊断的组合标志物，所述组合标志物包括以下17种基因中的任意6种或6种以上基因组合的甲基化：

FAM78A、MKL1、DCDC2、SR、BCL2L11、CYP1B1、PTPN7、AXIN1、SEMA4D、PROX1、 SHH、AK055957、DAB2IP、TBX15、GRASP、PPFIA1和PSD4。

上述组合标志物中，所述基因组合可包括DCDC2、BCL2L11和CYP1B1中的至少一个，所述基因组合还包括FAM78A、MKL1、SR、PTPN7、AXIN1、SEMA4D、PROX1、SHH、 AK055957、DAB2IP、TBX15、GRASP、PPFIA1、PSD4中的一种或一种以上。

上述组合标志物中，所述基因组合可包括DCDC2、BCL2L11、CYP1B1、AK055957、MKL1和AXIN1中的至少一个，所述基因组合还包括FAM78A、SR、PTPN7、SEMA4D、PROX1、 SHH、DAB2IP、TBX15、GRASP、PPFIA1、PSD4中的一种或一种以上。

在本发明的一个实施例中，所述基因组合为MKL1、DCDC2、BCL2L11、CYP1B1、PTPN7、AXIN1、SEMA4D。

在本发明的另一个实施例中，所述基因组合为FAM78A、MKL1、DCDC2、BCL2L11、PTPN7、AXIN1、PROX1、AK055957、PPFIA1、PSD4。