[发明专利]一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法

权利要求书

1.一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：包括以下步骤：

S1：设置LD精减梯度筛选记：

根据连锁不平衡利用plink软件对GBS数据进行筛选（利用系统命令符操作plink），最后可以得到四个梯度精减的分子标记集；

S2：数据格式转换：

通过S1步骤利用plink筛选结束后会生成prune.in文件和prune.out文件；

S3：初步判断群体结构：

以筛选后基因型文件为输入文件，然后对群体结构分析，最后根据Delta K作为判定群体最佳亚群个数（K值）依据；

S4：主成分分析验证群体结构：

以筛选后基因型文件为输入文件，然后分别进行主成分分析与画图，与S3结果对比，进一步确认群体分为几个亚群；

S5：聚类分析确认群体结构：

以筛选后基因型文件为输入文件，然后计算群体间遗传距离，再进行聚类分析，分群后与上面两种方法对比，也与已知的经典杂种优势群的自交系划分对比，确认哪种精减梯度最优；

S6：LD衰减确认最优精减梯度：

对群体进行LD衰减分析以及画图，结果显示，本群体在LD=0.1时快速衰减，与群体结构分析、聚类分析、主成分分析在LD=0.1时结果最佳一致。

2.根据权利要求1所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：S1步骤中包括plink软件与SNP基因型文件，并使用plink -file SNP -indep-pairwise3000 300 0.2 --out LD 命令运行。

3.根据权利要求2所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：SNP文件应包含.map与.ped两个文件。

4.根据权利要求2所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：3000 300 0.2分别代表滑动窗口大小为3000bp、步长300bp，在本方法中，LD的相关系数选择0.05、0.1、0.2、0.3四个精减梯度。

5.根据权利要求1所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：S2步骤中的prune.in文件包含通过筛选条件的位点名称，然后利用R代码根据位点名称提取原文件信息，并将结果整理成.vcf文件格式，最后这个格式用于后续的杂种优势软件分析。

6.根据权利要求1所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：S3步骤中对群体结构分析利用STRUCTURE软件进行分析。

7.根据权利要求1所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：S4步骤中的主成分分析利用的是TASSEL软件，画图利用的是R studio软件。

8.根据权利要求1所述的一种基于LD精减GBS标记划分玉米群体结构的方法，其特征在于：S5步骤中对群体间遗传距离计算的算法采用的是Rogers算法，聚类分析采用的是MEGA-X软件UPGMA算法。