[发明专利]一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法及应用

说明书

本发明属于基因技术领域，公开了一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法及应用，分析小细胞肺癌的基因改变特征，对基因组进行signature相关分析，并进行无监督聚类，确定小细胞肺癌分子的分型结果。本发明通过全外显子测序(WES)的方法全面分析了178例小细胞肺癌的基因突变、拷贝数改变等特征，并分析了TMB、TNB以及PDL1、CD8+T细胞等免疫特征。本发明对小细胞肺癌的基因特征和免疫特征进行了整合，并首次提出了小细胞肺癌的三个基因改变分子分型。本发明对于了解小细胞肺癌异质性的特征和发展个体化治疗是必不可少的，并将推动小细胞肺癌个体化临床实验的发展。

技术领域

本发明属于基因技术领域，尤其涉及一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法及应用。

背景技术

目前，小细胞肺癌(SCLC)恶性程度高、预后差，化疗或化疗联合放疗作为两种重要的治疗手段一直被应用在临床上。最近，尽管免疫治疗在小细胞肺癌中取得了一定的研究进展，然而，进展有限。由于小细胞肺癌独特的生物学特性，确定并分析其基因组的特征，具有非常重要的临床意义。实际上，分子生物学研究表明，小细胞肺癌可以分为SCLC-A、SCLC-N、SCLC-P和SCLC-Y四种亚型，而这些亚型能够为个性化治疗提供必要的线索。然而，目前的分子分型是通过分析国外数据的转录组水平得出的。

目前，针对小细胞肺癌的基因组突变特征以及免疫相关特征进行相关的分子分型，国内外并没有相关的文献报道。因此，深入而全面地分析小细胞肺癌的基因组改变特征和免疫特征，进而进行相关的亚类分型，将有助于进一步推动小细胞肺癌的个体化治疗。

通过上述分析，现有技术存在的问题及缺陷为：现有技术没有针对小细胞肺癌的基因组特征以及免疫特征进行亚类分型分析确定的技术。

解决以上问题及缺陷的难度为：由于TP53和RB1是小细胞肺癌最常见的两个突变，很难基于基因改变特征再次进行分子分型。

解决以上问题及缺陷的意义为：对小细胞肺癌的个体化治疗以及药物靶点的挖掘非常重要。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法及应用。

本发明是这样实现的，一种小细胞肺癌基因改变分子分型在制备治疗小细胞肺癌药物上的用途。

所述小细胞肺癌基因改变分子分型为：Cluster 1(主要富集Signature 4:吸烟相关基因特征(导致G·C转换为T·A，有甲基化CpG二核苷酸的倾向))、Cluster2(主要富集Signature 6:DNA错配修复相关基因特征(在NpCpG碱基位点,额外的C·G转换为T·A))以及Cluster 3(主要富集Signature 5:不明相关基因特征(以A·T转换为G·C的几个特征))。

本发明的另一目的在于提供一种试剂盒，所述试剂盒包含所述用途中的小细胞肺癌基因改变分子分型。

本发明的另一目的在于提供一种基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法，所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法包括：

通过分析小细胞肺癌的基因改变特征，对基因组进行signature相关分析，并进行无监督聚类，确定小细胞肺癌分子的分型。

进一步，所述基于突变特征的小细胞肺癌分子分型确定方法包括以下步骤：

步骤一，进行DNA文库构建及全外显子组测序；并进行序列比对与变异检测；

步骤二，采用增强标记聚合物系统进行免疫组织化学染色；分析小细胞肺癌的基因改变特征，对基因组进行signature相关分析，并进行无监督聚类，确定小细胞肺癌分子的分型结果。

进一步，步骤一中，所述进行DNA文库构建及全外显子组测序包括：