[发明专利]一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记与应用

说明书

本发明公开了一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁的分子标记与应用，属于育种和分子遗传学技术领域。与控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁的分子标记SNP‑1319位于19号染色体上。本发明利用EMS诱变中品661筛选获得的大豆苗期黄化致死突变体ed1为材料，通过叶绿体观察、叶绿素含量测定及叶绿体超微结构观察进行表型鉴定，利用突变体M₅代杂合单株分离后代中的黄、绿个体构建混池进行BSA‑seq测序，并结合遗传分离群体进行连锁分析，针对候选基因的变异位点开发dCAPS标记，利用开发的dCAPS标记鉴定ZP661×ed1(F2:3)群体获得基因型数据，鉴定了标记的准确性及可靠性。

技术领域

本发明涉及育种和分子遗传学技术领域，更具体的说是涉及一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记与应用。

背景技术

叶色是重要的农艺性状性状之一，是植物叶绿体各种色素的综合表现，叶色相关基因突变可能影响叶绿体发育或各种色素生物合成的正常功能。叶色突变体是进行光合作用、激素生理、光形态建成及信号传导途径等光合系统结构、功能及其调控机制研究的理想材料。

但复杂的基因组结构、低下的遗传转化效率等诸多因素限制了大豆功能基因组学研究的发展。不管是产量表型还是品质表型，都是极其复杂的数量性状，利用传统的品种资源材料进行相关基因的研究较为困难。随着大豆基因组测序结果的公布及测序技术的不断发展，功能基因组学已成为大豆学科研究的重要方向。

随着下一代测序(Next-generation Sequencing，NGS)技术的飞速发展，出现了多种基于重测序的高通量基因分型分析方法并不断被完善，如基于全基因组重测序、高密度功能型SNP芯片等。

因此，提供一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记是本领域技术人员亟需解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记与应用。利用集团分离分析法(BSA法)用于植物性状基因粗定位，克服了很多物种近等基因系获得的困难，相较于近等基因系法高效、便捷。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记，为位于19号染色体的SNP-1319；SNP-1319的核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示。

本发明还提供了一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记在鉴定大豆植株黄化致死中的应用，若核苷酸序列SEQ ID NO.1第23bp由C突变为T，则从幼苗出土起即表现出明显的黄化表型，真叶生长并完全展开时黄化表型明显，真叶、幼芽、子叶、下胚轴均表现为黄化；VC期后，植株开始逐渐显示出皱缩枯萎的致死表型，V1时期植株已干枯致死。

本发明还提供了上述的一种控制大豆叶绿体发育相关基因紧密连锁标记的扩增引物对，SNP-1319的PCR扩增上游引物序列为5’-AGAAGCTTCGGTTGACTATCGA-3’，如SEQ IDNO:2所示；SNP-1319的PCR扩增下游引物序列为5’-TCACTTCTATCAATGAGC-3’，如SEQ ID NO:3所示。

本发明还提供了上述的连锁标记或上述的引物对在大豆育种中的应用。

本发明还提供了上述的引物对在制备控制大豆叶绿体发育相关基因检测试剂盒中的应用。