[发明专利]一种融合微分几何信息的脑分割方法有效
申请号: | 202110796753.8 | 申请日: | 2021-07-14 |
公开(公告)号: | CN113409324B | 公开(公告)日: | 2023-03-24 |
发明(设计)人: | 袁克虹;杜博雅;杨倩熙 | 申请(专利权)人: | 清华大学深圳国际研究生院 |
主分类号: | G06T7/10 | 分类号: | G06T7/10;G06N3/0464;G06N3/08 |
代理公司: | 北京市诚辉律师事务所 11430 | 代理人: | 耿慧敏;朱伟军 |
地址: | 518055 广东省深圳市*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 融合 微分 几何 信息 分割 方法 | ||
1.一种融合微分几何信息的脑分割方法,包括以下步骤:
步骤S1:对MR图像集进行标准化预处理,其中,所述MR图像集包括T1加权的脑部正常组织MR图像集或脑部肿瘤多模态MR图像集;
步骤S2:在MR图像集的预处理结果中引入雅克比行列式和Laplace算子,以通过微分几何处理强调图像边缘信息;
步骤S3:对经微分几何处理MR图像集进行数据增强,获得增强数据集;
步骤S4:利用所述增强数据集训练神经网络模型,实现图像分割并将分割结果进行重建,进而输出对分割结果的预测;
其中,在步骤S2中,对于一幅MR图像,根据以下步骤执行微分几何处理:
步骤S21,将一幅MR图像视为一个二维空间到二维空间的变换函数f(x),灰度值表现为每一个位置的函数值,灰度值随着位置信息在x和y方向分别进行变化,计算雅克比矩阵的函数表示为:
其中Jf(x,y)代表图像函数的雅克比矩阵,该矩阵中的元素是分别对于x方向和y方向求偏导,用于反映每个方向上的灰度值变化趋势;
步骤S22,将一幅MR图像视为二维欧式空间的一个二阶微分算子,分别对Laplace算子的x,y两个方向的二阶导数进行差分,得到离散函数的Laplace算子,对于一个二维函数f(x,y),x,y两个方向上的二阶差分分别表示为:
计算得到Laplace算子的差分形式表示为:
写成空间滤波器的形式为:
将该空间滤波器在原MR图像上逐行移动,其数值与重叠像素相乘求和,赋值给中心点的像素。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤S1中,对MR图像集进行标准化预处理是采用Z-score数据标准化,将数据按比例缩放在固定区间内,并将数据转化为符合正态分布的纯数值,变换函数表示:
其中,μ为样本的均值,σ为样本的标准差。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤S1中,当MR图像集是T1加权的脑部正常组织MR图像集时,还包含直方图匹配与均衡预处理过程,执行以下步骤:
读取原始图像信息,并将其转化为灰度直方图像,得到图像的矩阵信息;
统计不同灰度的频数,计算得到灰度的概率分布累积函数;
将累积分布函数进行均衡化;
将均衡化后的分布函数作用于原始图像,将其均一化。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤S1中,当MR图像集是脑部肿瘤多模态MR图像集时,根据以下步骤进行数据标签处理:
对各个模态的数据进行切片,将没有分割标签的数据舍弃,并将所有模态拼接在一起作为所述神经网络模型多通道的输入;
将所分割的整个肿瘤、增强肿瘤和肿瘤核心与标签对应关系表示为:
WT=ED+ET+NET
TC=ET+NET
其中,NET为坏疽-标签1,ED为浮肿区域-标签2,ET为增强肿瘤区域-标签4,背景部分-标签0,WT表示整个肿瘤。
5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述神经网络模型采用Unet的U型结构和层级,包括多次下采样和对应的多次上采样,且最后一层的卷积处理设置为:先使用N个1×1的卷积,然后再使用soft-max函数激活,以改变输出的通道数为N,其中N等于所需分割出的目标区域数目。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,采取Dice系数作为损失函数训练所述神经网络模型。
7.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤S3中,通过翻转、旋转、缩放、位移MR图像集获得增强的数据集。
8.一种计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,其中,该程序被处理器执行时实现根据权利要求1至7中任一项所述方法的步骤。
9.一种计算机设备,包括存储器和处理器,在所述存储器上存储有能够在处理器上运行的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述程序时实现权利要求1至7中任一项所述的方法的步骤。
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