[发明专利]一种水稻巨胚等位基因、其分子标记及应用

说明书

本发明涉及一种水稻巨胚等位基因、其分子标记及应用。水稻巨胚等位基因命名为GE^D，其核酸序列如SEQ ID NO.1所示。其分子标记能够区分所述水稻巨胚等位基因距离起始编码位点916bp处C碱基的缺失变异，分子标记的引物序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。本发明涉及的巨胚等位基因是一种新的等位基因，采用分子标记辅助将该等位基因导入常规水稻中有助于选择巨胚新品系。

技术领域

本发明涉及水稻遗传育种领域，具体涉及水稻巨胚等位基因、其分子标记及应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，全世界一半以上的人口主要以稻米为食。稻米中含有大量的淀粉、纤维素，以及丰富的维生素、微量元素、生物活性物质。它不仅提供人类生产劳动所需的热量，而且为人类的生长提供营养。水稻籽粒主要由胚乳、胚和种皮几部分组成。其中70％～80％的营养物质富集在胚和种皮中，尤其是胚中。胚乳占水稻籽粒体积的90％左右，但富含大量淀粉。近年来，随着生活水平的提高，人们对稻米的营养品质提出了更高的要求，高营养水稻品种的需求日益旺盛。

巨胚稻特指胚较大的水稻品种，其胚体积一般是常规水稻的两倍以上。与常规水稻相比，巨胚稻稻米的多种营养物质(蛋白、脂肪、纤维素、维生素、矿物质等)含量均有较大提高，且还富含非蛋白、功能性氨基酸γ-氨基丁酸(GABA)。γ-氨基丁酸具有多种生理功能，可以抑制神经传导，改善大脑的血液流通，对多种疾病特别是脑血管疾病、高血压、痴呆症等有较好的疗效，同时还具有降低中性脂肪和改善更年期症状等作用。因此，巨胚稻属于高营养保健型水稻品种。如果在不影响水稻产量的情况下，适当提高胚的体积，可显著改良稻米的营养品质。

酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence，CAPS)标记是一类以 PCR为基础的共显性分子标记。它的基本原理是通过特异性的PCR引物扩增已知位点的DNA 片段，接着用限制性内切酶切割所得产物并通过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性。 SNP恰好位于限制性内切酶位点的情况比较少，在CAPS标记的基础上结合SNP位点通过在扩增引物中引入错配碱基而产生新的限制性内切酶位点的标记即衍生酶切扩增多态性(derived cleaved amplified polymorphic sequence，dCAPS)标记。由于几乎所有的SNP位点用dCAPS 的方法均可转化为以PCR为基础的分子标记，dCAPS标记在植物基因分型、定位、遗传多样性分析、品种鉴定等方面具有广泛应用前景。

发明内容

本发明的目的之一是提供水稻巨胚等位基因，本发明的目的之二是提供所述水稻巨胚等位基因在培育巨胚水稻新品系中的应用，本发明的目的之三是提供所述水稻巨胚等位基因的分子标记引物、检测方法及在分子标记辅助选择育种中的应用，其能够有利于选育高营养水稻品种，促进水稻品质育种，为品质的遗传改良提供新的基因资源。

本发明采取的技术方案具体如下。

本发明提供的一种水稻巨胚等位基因，命名为GE^D，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

本发明还提供了水稻巨胚等位基因GE^D在培育巨胚水稻新品系中的应用。

本发明还提供了水稻巨胚等位基因GE^D的分子标记，该分子标记能够区分水稻巨胚等位基因GED距离起始编码位点916bp处C碱基缺失的变异。

本发明还提供了水稻巨胚等位基因GE^D的分子标记的引物，该分子标记的引物包括上游引物、下游引物中的一者或两者,上游引物、下游引物的碱基序列分别如SEQ IDNO.2和SEQ ID NO.3所示。

本发明还提供了水稻巨胚等位基因GE^D的分子标记在分子标记辅助选择育种中的应用。