[发明专利]Sanger测序峰图截取标识方法、系统、计算机设备及存储介质

说明书

本发明公开了一种Sanger测序峰图截取标识方法及实现该方法的系统、计算机设备及存储介质，所述方法包括如下步骤：读取测序文件和配置文件信息，基于所述测序文件导出碱基峰图和碱基序列；处理所述碱基峰图和碱基序列，识别延伸碱基信息；基于识别得到的延伸碱基信息截取并标识延伸碱基序列峰图。采用本发明的方法，可以满足对大量Sanger测序峰图结果进行截图标识处理的需要。

技术领域

本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一种Sanger测序峰图截取标识方法、系统及存储介质。

背景技术

PCR-飞行时间质谱法可以利用核苷酸分子量的差异，对设定核酸位点的多态性进行检测，因此可以利用此原理开发基于飞行时间质谱平台的基因检测试剂盒。飞行时间质谱平台和基于该平台的基因检测试剂盒在实际应用于临床前，需要用大量的临床样本来进行检测测试，将检测结果与临床样本的金标准进行对比评价，以此来确认其有效性。

由于Sanger测序法是临床样本核酸位点多态性检测的金标准方法之一，因此在用飞行时间质谱平台检测核酸位点多态性的临床确认试验过程中，需要用Sanger测序法对相同样本的相同核酸检测位点进行确认。由于Sanger测序技术原因，在检测核酸位点多态性时，需要对该位点前后一共至少150bp的核酸序列进行测序。测序公司返回的测序结果是一份记录每个碱基峰图的ab1文件，需要用特定的软件来打开该测序文件查看碱基峰图和碱基序列。打开文件后，可以用在软件的搜索框内输入一段包含检测位点（或与检测位点相邻）的序列或用肉眼识别序列的方法从测序峰图序列中查找检测位点并识别检测基因型。在提交的临床试验材料中，需要包含有临床试验中每例样本对应的每个检测位点的Sanger测序峰图截图和基因型统计等信息，且在截图中需要有相关的样本名称、检测位点名称、碱基序列中检测位点碱基标识等信息。

对Sanger测序峰图进行手动截图标识的过程为：

⑴ 用chromas软件打开Sanger测序ab1文件显示碱基序列峰图，调整横向或纵向缩放比例，使屏幕中峰图的宽度和高度处于合适的显示状态；

⑵ 拉动横向移动条肉眼识别检测位点，或用序列查找检测位点，调整横向移动条使检测位点处于合适的截图区域内；

⑶ 用快捷键（alt+A）进行屏幕截图，上、下、左、右调整截图区域，用截图工具栏中的工具对检测位点的碱基进行醒目标注（如添加红色垂直箭头或红色方框），按照文件命名格式对截图进行保存；

⑷ 将以上截图添加至word或ppt文档中，在图片左侧空白区域内添加文本框，文本框中输入位点名称和样本ID名等相关信息，将图片与文本框组合保存成图片类型，并按照文件命名格式进行命名。

手动截图标识方法只适用于处理少量的Sanger测序结果，且在遇到异常测序峰（将正常的杂合双峰测成两个单峰）时可能会将基因型识别错误。当有大量检测样本且每例样本有多个检测位点时，手动截图标识过程会耗时耗力、效率低下，且容易出错。用手动截图标识发现，对180例样本的1个位点进行截图标识处理，平均每个人需要大概8个小时的处理时间，并且还不算基因型统计用时。而一个临床确认试验中的样本量从几百例到几千例不等，且每例样本的检测位点实际会有多个（正常会在10个左右到20个左右之间），因此迫切希望开发一种自动批量截图标识系统来替代原始的手动截图标识方法。

发明内容

为了克服人工截图效率低下，不适宜对大量样本、多位点的Sanger测序结果进行截图标识处理，且在遇到异常测序峰时可能会将基因型识别错误的问题，本发明提供了一种能解决上述问题的Sanger测序峰图截取标识系统。

本发明的目的通过以下技术方案实现：

本发明第一方面提供了一种Sanger测序峰图截取标识方法，包括如下步骤：

S1、读取测序文件和配置文件信息，基于所述测序文件导出碱基峰图和碱基序列；