[发明专利]黄精EST-SSR引物组开发及其在遗传多样性方面的应用

说明书

本发明公开了黄精EST‑SSR引物组的开发及其在遗传多样性等方面的应用，序列来源、EST‑SSR位点查找、EST‑SSR引物设计、SSR引物筛选、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、PCR扩增、数据处理，EST‑SSR结果分析可知，10个黄精种质资源被聚类成3个类群，其中类群Ⅰ包括来自安徽池州、广西贺州、浙江仙居和湖南娄底的多花黄精，类群Ⅱ包括江西信丰、河南灵宝、四川雅安和陕西宁强的黄精，类群Ⅲ包括来自河南鲁山和贵州德江的滇黄精。EST‑SSR标记可为黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供有价值的候选标记，也为黄精属内种间物种的分子鉴别、优良品种的分子辅助育种提供技术手段。

技术领域

本发明涉及一种黄精EST-SSR引物组开发及其在遗传多样性等方面的应用，属于分子生物学技术领域。

背景技术

黄精为百合科(Liliaceae)黄精属Polygonatum Mill.多年生草本植物，该属植物在世界范围内分布广泛，我国有31种，其中滇黄精、黄精和多花黄精收录于《中国药典》(2020年版)。现代药理学研究表明，黄精具有抗衰老、调节免疫力、调节血脂、改善记忆力、抗肿瘤、抗菌等药用价值。我国黄精属植物资源非常丰富，近年来由于市场需求旺盛，使其过度采挖，导致产区资源急速下降、甚至濒临枯竭，同时对黄精的生存环境造成了严重的破坏。因此，有必要进行资源收集保护，开展人工驯化栽培以及遗传多样性研究，为解决黄精植物资源匮乏提供新途径，也为良种选育与新种质创新、种间鉴定和保护策略提供有效参考。

种质资源的遗传多样性是研究物种起源进化、发现新的基因、改良现有品种的基础。随着高通量测序技术的快速发展与测序成本的不断降低，利用转录组测序(RNA-Sep)获得的EST序列，并进一步发掘有价值的简单重复序列位点用于开发分子标记。目前该技术已在药用植物如人参、甘草、叶牵牛等得到应用。简单重复序列(SSR)是由1～6个碱基组成的基元串联重复而成的DNA序列，由于重复次数不同，造成了每个位点的多态性。SSR标记遍布整个基因组，具有共显性、重复性好和多态性高的特点，且SSR位点在属间和属内种间具有保守性。SSR标记根据来源可分为基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。对于未完成基因组测序的植物，通过转录组测序技术可快速高效的获得EST-SSR标记。虽然其多态性低于基因组SSR标记，但序列保守性更高，通用性更好，且其多态性可能与基因功能直接相关。黄精属SSR分子标记的开发缓慢，目前已公布的SSR分子标记仅有225对，其中EST-SSR分子标记仅43对，远远不能满足黄精属植物的遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种辅助选育等需求，因此有必要进一步开发分子标记。

本研究将利用高通量测序技术获得的黄精转录组数据进行系统分析，开发EST-SSR标记引物，并通过EST-SSR技术对10个黄精种质进行遗传学分析，以期进一步了解黄精种质资源的亲缘关系，为黄精遗传多样性分析和种质资源鉴定奠定基础。

发明内容

本发明的目的在于提供黄精EST-SSR引物组的开发及其在遗传多样性等方面的应用，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：黄精EST-SSR引物组的开发及其在遗传多样性等方面的应用，筛选出154对多态性高、条带清晰黄精EST-SSR引物。

黄精EST-SSR引物组的开发及其在遗传多样性等方面应用的操作方法，其步骤如下：