[发明专利]一种用于少量样本高通量染色质免疫共沉淀测序样品制备的方法

权利要求书

1.一种用于高通量染色质免疫共沉淀测序样品制备的方法，是将ChIP-seq样品制备过程与微流控芯片相结合，包括如下芯片上步骤和芯片外步骤；

所述芯片上步骤包括：细胞接种、交联、细胞裂解、染色质片段化、特异性免疫共沉淀反应、原位DNA文库构建和高通量样本编码；

所述芯片外步骤包括：将编码后样本从芯片上回收后进行非特异性清洗、解交联、纯化、预扩增，得到待测序样品；

在所述芯片上步骤中，所述细胞接种按照如下（A1）进行：

（A1）将细胞悬液浸没第一张所述芯片，记为chip-1，完成将细胞接种到所述chip-1上的每个微孔中；或者，将不同数量和种类的细胞通过移液器加入到所述chip-1上的不同微孔中；

在所述芯片上步骤中，所述交联按照如下（A2）进行：

（A2）用交联液和终止液先后浸没所述chip-1，实现对细胞的交联和终止交联；

在所述芯片上步骤中，所述细胞裂解和所述染色质片段化按照如下（A3）进行：

（A3）将2×裂解液加入到第二张所述芯片上，记为chip-2，将所述chip-2通过倒置后与经步骤（A2）处理过的所述chip-1上下对准的方式，实现所述chip-2中的所述2×裂解液到所述chip-1的转移，先4℃孵育10 min，再37℃孵育15 min，从而完成对细胞的原位裂解以及对染色质的片段化；

在所述芯片上步骤中，所述特异性免疫共沉淀反应按照如下（A4）进行：

（A4）将抗体-磁珠复合物加入到第三张所述芯片上，记为chip-3，将所述chip-3通过倒置后与经步骤（A3）处理过的所述chip-1上下对准的方式，实现所述chip-3中的所述抗体-磁珠复合物到所述chip-1的转移，从而完成染色质免疫共沉淀；

在所述芯片上步骤中，所述原位DNA文库构建和高通量样品编码按照如下（A5）-（A7）进行：

（A5）将2×末端修复反应缓冲液加入到第四张所述芯片上，记为chip-4，将所述chip-4通过倒置后与经步骤（A4）处理过的所述chip-1上下对准的方式，实现所述chip-4中的所述2×末端修复反应缓冲液到所述chip-1的转移，置于20-25℃孵育30-60 min，从而完成DNA的末端修复；

（A6）将2×加A反应缓冲液加入到第五张所述芯片上，记为chip-5，将所述chip-5通过倒置后与经步骤（A5）处理过的所述chip-1上下对准的方式，实现所述chip-5中的所述2×加A反应缓冲液到所述chip-1的转移，置于37℃孵育30-60 min，从而完成DNA的3’末端加A；

（A7）将添加有不同编码接头的2×快速连接反应缓冲液加入到第六张所述芯片上，记为chip-6，将所述chip-6通过倒置后与经步骤（A6）处理过的所述chip-1上下对准的方式，实现所述chip-6中的所述添加有不同编码接头的2×快速连接反应缓冲液到所述chip-1的转移，置于20℃孵育15-30 min，从而完成所述编码接头与DNA的连接。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述芯片为超疏水微孔阵列芯片；

所述超疏水是指水或水溶液与材料表面的接触角大于150°；

所述超疏水微孔阵列芯片通过包括以下步骤的方法制备得到：

步骤1：通过一体注塑形成包括微孔阵列和位于所述微孔阵列之间的超疏水材料涂层池的芯片基底；所述微孔阵列的微孔直径在300-1500 μm，微孔深度小于500 μm，但不为零，微孔间距为1500-3000 μm；所述超疏水材料涂层池的深度为50-300 μm，所述涂层池与所述微孔之间的微孔壁厚为50-300 μm；

步骤2：将超疏水涂料注入所述芯片基底的所述超疏水材料涂层池中，所述超疏水涂料挥发后形成超疏水层；所述超疏水层为表面与水或水溶液的接触角大于150°的疏水层。