[发明专利]基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法

权利要求书

1.一种基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于：步骤如下：

S1，采集样品在前后两个时间段的DNA信息并对其进行DNA甲基化测序；

S2，筛选测序数据的reads并进行数据检验获取对应时间段的DNA甲基化信息和突变信息；

S3，判定DNA甲基化差异位点，确定突变落在CpG附近1bp位置上的突变信息，并分别统计支持甲基化和不支持甲基化的reads，计算出DNA甲基化率，若检测到的DNA甲基化率下降超过30％或在后样品的DNA甲基化率低于10％则判定为衰老锁，之后通过衰老锁判定衰老程度，所述衰老锁是在CpG位点附近1bp范围内发生DNA甲基化丢失的现象。

2.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述S1步骤中还进行有基因组测序。

3.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述测序数据的筛选包括如下步骤：S2a，对测序的原始数据进行数据清洗去除测序质量低的片段；S2b，将前后两个时间段的基因组数据进行比对，筛选出比对测试质量mapq＞30比对上的reads。

4.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述数据检验是Fisher精确检验、卡方检验、负二项式检验中的任意一种。

5.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述S1步骤中采集的DNA信息包括分别从C2T链中采集的ATG三种碱基信息、从G2A链中采集的ATC的数据信息，所述DNA甲基化信息通过C2T和G2A两条链上的数据比对获得，对于C2T正链是胞嘧啶的位点采用负链的比对数据确定为突变率，而对于G2A负链是胞嘧啶的位点采用正链为突变率。

6.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述DNA甲基化率通过如下公式计算：

DNA甲基化率＝支持甲基化的reads/(支持甲基化的reads+不支持甲基化的reads)，

所述支持甲基化的reads为每个胞嘧啶位点上经过重亚硫酸盐处理后能提供DNA甲基化信息的reads的个数。

7.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述S1步骤中前后两个时间段的间隔不小于6个月。

8.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述S1步骤中进行全基因测序时DNA甲基化测序产生的原始数据不小于30X，进行局域基因测序时DNA甲基化测序产生的原始数据不小于10G。

9.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述S2步骤中每条测序的reads测序质量Q20以上的碱基占总碱基数目不小于95％，测序质量Q30以上碱基的碱基占总碱基数目不小于90％。

10.根据权利要求1所述基于基因突变和DNA甲基化特征判定衰老程度的方法，其特征在于:所述S2步骤中筛选测试数据的依据是每个reads提供的信息数据大于10X，且检测小概率p值为1e-5。