[发明专利]分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用

说明书

本发明公开一种分析绵羊耳部性状的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用，涉及生物技术领域，本发明提供了能够分析绵羊耳部性状特征的1920个SNP位点组合，其物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定，利用1920个SNP位点组合制成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒能够对绵羊个体进行遗传评估，对早期难以度量的耳部性状进行个体选择，缩短世代间隔，加速育种进程，从而节约大量的育种成本。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及生物检测技术领域，更具体的涉及分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用。

背景技术

耳朵类型是现在家畜品种的一个重要性状，耳朵大小是其重要的表型之一。而绵羊耳朵不仅是绵羊重要性状之一，还是广受欢迎的食材；此外，有研究表明绵羊和人类耳朵在结构上较为相似，因此其还能作为人类耳朵相关医学研究中的模型；而且，绵羊耳部性状在绵羊品种溯源及种质资源的保护、开发利用也具有重要意义。为了更好的开展绵羊耳朵大小的研究，已经有越来越多的科研工作者利用基因分析研究绵羊耳部面积性状，目前，分子标记技术由于其准确度高、可操作性强等优点越来越受到重视，其中基于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）的分子标记技术应用得越来越广泛。SNP作为生物基因组中的一种遗传分子标记，在动植物遗传进化分析、重要经济形状筛选、分子育种等方面起着越来越重要的作用。基于SNP的SNP芯片是进行现代遗传育种便捷高效的工具，由于其容易实现SNP高通量、自动化检测，可以检测出基因组 DNA上每个碱基对的变化，包括插入、缺失、颠倒、转换等，已经成为非常理想的SNP检测技术，在绵羊育种领域中的运用也越来越多。

尽管绵羊现有的商业化SNP芯片有Illumina Ovine SNP50 Beadchip（50K）、Illumina Sheep HD Genotyping Beadchip（680K）和Illumina Ovine LD（5K），能够覆盖绵羊全基因组的超过 54K 个 SNP 位点，可用于遗传育种、全基因组关联分析、数量性状基因座定位、基因优选及比较基因组学等研究。但是现有的绵羊SNP芯片主要依据西方品种绵羊的数据，缺乏中国绵羊品种与国外绵羊品种结合的 SNP 数据，存在位点均匀性不足、对功能性位点和区域的体现不足、超过10%的位点在中国绵羊群体为极低频位点等诸多问题，设计一款适用于中国绵羊群体且能对耳部面积性状进行快速有效检测SNP芯片，有着十分重要的意义。

发明内容

为满足我国当前绵羊品种研究以及农业生产上对绵羊耳部面积检测的需求，本发明提供了一种分析绵羊耳部性状的分子探针组合、基因芯片、试剂盒及应用，利用本发明提供的位点信息，能够快速准确的实现绵羊耳部大小沉积评价、品种筛选、品种鉴定、品种溯源、绵羊育种，有利于种质资源保护以及种质资源改良，耗时短、成本低、市场效益广阔。

为实现本发明的技术目的，本发明提供以下技术方案：

第一方面、1920个SNP位点组合在分析绵羊耳部大小的应用，所述1920个SNP位点组合的物理位置如表1所示：

表1 1920个位点组合的位置信息

其物理位置基于绵羊 v4.0基因组序列比对确定。

第二方面、分析绵羊耳部大小的方法，将待测绵羊的基因组DNA的1920个SNP位点基因型与对照绵羊基因组DNA的所述1920个SNP位点基因型进行比较；