[发明专利]分析绵羊乳头数的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用

说明书

本发明公开一种分析绵羊乳头数的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用，涉及生物技术领域，本发明提供分析绵羊乳头数特征的1782个SNP位点组合，其物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定，利用1782个SNP位点组合形成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒能够对绵羊个体进行遗传评估，对早期难以度量的乳头性状进行个体选择，缩短世代间隔，加速育种进程，从而节约大量的育种成本。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及生物检测技术领域，更具体的涉及分析绵羊乳头数的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用。

背景技术

绵羊是世界上最重要的经济动物之一，不仅可以作为食物供人类食用，还能作为奶制品的来源。我国绵羊品种资源丰富，多乳头性状的品种也普遍存在，有研究表明乳头数性状与雌性动物的繁殖，后代的生长和乳房炎易感等性状显著相关，但是对于其来源仍存在争议，为了更好的分析研究绵羊的乳头性状，同时也为了保护绵羊品种，研究品种来源，已经有越来越多的科研工作者利用基因分析研究绵羊的乳头性状。

目前，分子标记技术由于其准确度高、可操作性强等优点越来越受到重视，其中基于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）的分子标记技术应用得越来越广泛。SNP作为生物基因组中的一种遗传分子标记，在动植物遗传进化分析、重要经济形状筛选、分子育种等方面起着越来越重要的作用。基于SNP的SNP芯片是进行现代遗传育种便捷高效的工具，由于其容易实现SNP高通量、自动化检测，可以检测出基因组 DNA上每个碱基对的变化，包括插入、缺失、颠倒、转换等，已经成为非常理想的SNP检测技术，在绵羊育种领域中的运用也越来越多。

尽管已经商业化的绵羊SNP芯片（Illumina Ovine SNP50 Beadchip（50K）、Illumina Sheep HD Genotyping Beadchip（680K）和Illumina Ovine LD（5K）），覆盖了绵羊全基因组的超过 54K 个 SNP 位点，用于遗传育种、全基因组关联分析、数量性状基因座定位、基因优选及比较基因组学等研究。但是现有的绵羊SNP芯片由于主要依据西方品种绵羊的数据，缺乏中国绵羊品种与国外绵羊品种结合的 SNP 数据，仍存在位点均匀性不足、对功能性位点和区域的体现不足、超过10%的位点在中国绵羊群体为极低频位点等诸多问题，因此设计一款适用于中国绵羊群体且能对绵羊毛用性状进行快速有效检测的SNP芯片，有着十分重要的意义。

发明内容

为满足我国当前绵羊品种研究以及农业生产上对绵羊乳头数检测的需求，本发明提供了一种分析绵羊乳头数的分子探针组合、基因芯片、试剂盒及应用，利用本发明提供的位点信息及分子探针组合、基因芯片、试剂盒，能够快速对绵羊乳头数进行分析评价、筛选或鉴定绵羊品种、有助于品种溯源、系谱重构，以及种质资源保护、种质资源改良，耗时短、成本低、市场效益广阔。

为实现本发明的技术目的，本发明提供：

①、1782个位点组合在分析绵羊乳头数中的应用，所述1782个位点组合的物理位置如表1所示：

表1 1782个位点组合的物理位置

其中，其物理位置信息基于绵羊 v4.0基因组序列比对确定。

②、分析绵羊乳头数的方法，将待测绵羊的基因组DNA的1782个SNP位点基因型与对照绵羊基因组DNA的所述1782个SNP位点基因型进行比较；所述1782个SNP位点为表1所述的1782个SNP位点。

③、分析绵羊乳头数的分子探针组合，所述分子探针组合检测待测样品中如表1所示的SNP位点组合，所述表1中的位点组合的物理位置信息基于绵羊 v4.0基因组序列比对确定。