[发明专利]猪生长速率相关基因RPS27L的InDel标记及其应用

说明书

本发明公开了InDel分子标记或检测InDel分子标记的物质在鉴定或辅助鉴定猪生长速率中的应用，所述InDel分子标记是核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的DNA分子。本发明所具有的有益效果包括：(1)本发明发现猪RPS27L基因启动子区插入/缺失位点可以作为猪分子育种的遗传选择标记，有利于筛选生长性状优良的猪种，加快良种选育速度；(2)本发明以参照猪全基因组设计的引物对P1为引物，以猪基因组DNA为模板，通过序列扩增、电泳鉴定、Sanger测序，高效、精确、低成本地检测猪RPS27L基因启动子区插入/缺失多态性位点(Chr1:108,880,114‑108,880,126bp)在猪群体中的基因型。

技术领域

本发明属于猪育种技术领域，具体涉及猪生长速率相关基因RPS27L的InDel标记及其应用。

背景技术

我国是世界上最大的生猪养殖和猪肉消费国，猪肉生产和消费量均占全球50％以上。此外，我国拥有丰富的猪种资源，占全世界的1/3，但我国饲养的商品猪90％以上均为西方瘦肉型品种。因此，挖掘和利用地方猪种优质特色基因资源，培育我国具有自主知识产权的优良猪品种，实现“良种猪国产化”，既是我国生猪产业健康可持续发展的需要，也是保障猪肉安全供给的根本。开展育种必须依赖坚实的理论基础，因此，研究猪生长速率等重要经济性状形成的遗传基础，是我国生猪产业发展的需要，具有重要的经济价值和战略意义。

在基因组水平上影响动物表型特征的关键因素是基因组序列的变异。目前，常见的基因组变异包括插入/缺失(InDels)、单核苷酸多态性(SNPs)和结构变异(SVs)等。InDel是指基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。随着比较基因组学研究的深入，InDel为遗传育种应用提供了大量的生物信息，其作为新一代的遗传学鉴定标记，兼具SNP的优点。并且与其它变异相比，InDel更容易通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳技术直接被鉴定。

综上所述，发掘与猪生长速率相关的分子标记，对猪生长性状的改良和优良品种猪的培育具有重要意义。

发明内容

本发明提供InDel分子标记或检测InDel分子标记的物质在鉴定或辅助鉴定猪生长速率中的应用，所述InDel分子标记是核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的DNA分子。

所述分子标记可为位于猪参考基因组Sscrofa11.1版本序列Chr1:108,880,114-108,880,126bp处存在13bp的插入和/或缺失多态性位点。

所述Chr1:108,880,114-108,880,126bp处插入和/或缺失序列为SEQ ID NO.1，位于RPS27L基因的启动子区。

进一步地，上述应用中，所述物质可含有扩增包含所述InDel分子标记在内的猪基因组DNA片段的PCR引物。

进一步地，上述应用中，所述PCR引物可由正向引物和反向引物组成，所述正向引物的序列如SEQ ID No.2所示，所述反向引物的序列如SEQ ID No.3所示。

本发明提供用于鉴定或辅助鉴定猪生长速率的PCR引物，所述PCR引物可用于扩增包含上述的InDel分子标记在内的猪基因组DNA片段。

进一步地，所述PCR引物可由正向引物和反向引物组成，所述正向引物的序列如SEQ ID No.2所示，所述反向引物的序列如SEQ ID No.3所示。

本发明同时提供鉴定或辅助鉴定猪生长速率性状的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有上述PCR引物。

本发明提供猪育种方法，所述方法可包括采用RPS27L纯合基因型的猪作为亲本进行育种，所述RPS27L纯合基因型的猪是上述SEQ ID No.1所示核苷酸序列的InDel分子标记的纯合基因型猪。

进一步地，所述方法中，所述猪育种的目的可包括培育生长速率高的猪。