[发明专利]一种PCR检测方法的数据处理方法有效
申请号: | 202110870047.3 | 申请日: | 2020-12-30 |
公开(公告)号: | CN113607937B | 公开(公告)日: | 2022-07-12 |
发明(设计)人: | 蒋鹏翀;顾陈;高静;蔡亦梅;范东雨;任鲁风 | 申请(专利权)人: | 北京中科生仪科技有限公司 |
主分类号: | G01N33/50 | 分类号: | G01N33/50 |
代理公司: | 北京精金石知识产权代理有限公司 11470 | 代理人: | 杨兰兰 |
地址: | 100176 北京市大兴区北京经*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 pcr 检测 方法 数据处理 | ||
1.一种PCR检测方法的数据处理方法,其特征在于,包括:
S1:采用光谱仪采集循环数0-40荧光强度Ai,Ai,i∈[0,40];
S2:将采集的循环数0-40荧光强度Ai作归一化处理,得到归一化处理后的数据Di,Di=Ci-yi,i∈[1,40];yi为基线,Ci为平滑处理后的数据;
采集的循环数0-40荧光强度Ai归一化处理方法具体包括:
S11:扣除基底:A1-A40作为信号,减去基底A0;
Bi=Ai-A0,i∈[1,40],其中,Bi为去除基底的数据;
S12:平滑数据:对去除基底的数据Bi进行平滑处理,得到平滑处理后的数据Ci;
Bi-Ci
S13:确定基线:选择C3-C10,根据最小二乘法拟合出直线作为基线yi,
yi=a1χi+b1,i∈[1,40],其中,a1为一次项系数,b1为常数项;
S14:数据扣除基线,得到Di=Ci-yi,i∈[1,40];
S3:对步骤S2得到归一化处理后的数据Di依次作一阶差分、二阶差分和三阶差分处理;
S31:一阶差分
其中,D′i为第i个点的1阶差分值,Di+1为归一化处理后的第i+1个点,Di-1为归一化处理后的第i-1个点;
S32:二阶差分:
其中D″i为第i个点二阶差分值,D′i+2为一阶差分值中的第i+2个点的值,D′i-2为一阶差分值中的第i-2个点的值;
S33:三阶差分:
D″′i=D″i+1-D″i,i∈[4,36],其中D″′i为第i个点的三阶差分值,D″i+1为二阶差分中的第i+1个点的值;
S4:取二阶差分最大值,选出三阶差分中符合“正负负负”或“正负负”或“正负”规律的最大点,且要求对应循环数的一阶差分大于0,该坐标+1即为二阶差分最大值对应坐标,另±1共计3点;
S5:多项式拟合,将上述步骤S4得到的3点按二次函数y=ax2+bx+c拟合,取
其中a是二次项系数,b是一次项系数,c是常数;
S6:切线求Ct值,对Di进行曲线拟合,并过X处做Di拟合曲线的切线,其与基线交点的横坐标即为Ct值,进而可得阈值,
S7:阴/阳性判别:
若Ct值≥38,判断为阴性;反之,则为阳性。
2.如权利要求1所述PCR检测方法的数据处理方法,其特征在于,还包括步骤S8:绘图,将Di按循环数绘制曲线。
3.如权利要求1所述PCR检测方法的数据处理方法,其特征在于,以Savitzky-Golay平滑算法函数sg_smooth对去除基底的数据Bi进行平滑处理,其中参数为窗口大小:3,阶数:6。
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