[发明专利]一种与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记及其用途

说明书

本发明提供了一种与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记及其用途，所述SNP分子标记的位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列15号染色体上第10518551位GA突变。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高核心群母猪的健仔数和活仔率，加快母猪相关繁殖性状的改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及一种与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记及其用途。

背景技术

在猪业生产中，母猪的繁殖能力是影响猪场生产能力的重要因素之一。繁殖能力的高低直接影响着整个猪业的经济效益。借助常规的育种技术，猪的重要经济性状如生长性状取得了一定的遗传进展，然而，繁殖性状遗传进展缓慢，一方面原因在于繁殖性状表型获取的滞后性，另一方面主要原因是繁殖性状属于低遗传力性状，纯种猪的遗传力在0.1左右，且受品种、胎次和环境因素影响较大。尽管提高母猪繁殖性状遗传进展有很大困难，但其仍是遗传育种工作者的重要育种目标。在繁殖性状中，母猪的健仔数和活仔率是衡量母猪繁殖能力的重要标准，健仔数多、活仔率高则在一定程度上表明母猪具有优良的繁殖性能。此外，母猪的健仔数多、活仔率高往往也意味着能创造出更大的经济和育种价值，因此，在猪场的育种方案中往往重点选留这类优秀母猪并让其持续“高产出”。然而，传统上基于表型的育种选育往往在母猪性成熟后期才能收集到表型数据，难以实现对繁殖性状的早期选择。为了加快母猪繁殖性状中健仔数和活仔率的遗传进展，在猪基因组上鉴别影响母猪活仔率和健仔数的主效基因和关键突变位点显得极为重要。

随着高通量测序技术的发展，通过检测猪全基因组上的单核苷酸多态(Singlenucleotide polymorphisms,SNP)，结合全基因组关联分析(Genome-wide associationstudy,GWAS)技术，可鉴别到影响猪健仔数和活仔率的主效基因和关键分子标记，将有助于揭示影响猪繁殖性能的遗传机制，进而把提高健仔数和活仔率的基因和分子标记应用到标记辅助选择和基因组选择育种技术中，将极大的加快母猪健仔数和活仔率的遗传进展，并对母猪的繁殖能力带来极大提升，从而提高养猪业的经济效益。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足和缺点而提供一种与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记及其用途，本发明还提供了一种用于检测所述的SNP分子标记的引物对和试剂盒，本发明还提供了一种鉴定与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记基因型的方法，一种筛选高健仔数和活仔率的猪品种的方法，以及一种猪的遗传改良的方法。

为实现上述目的，所采取的技术方案：一种与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列15号染色体上第10518551位GA突变。该位点碱基的多态性导致猪健仔数和活仔率的差异。

优选地，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是G或A。所述SNP分子标记的位点为SEQ IDNO:1序列标注位置为118位的G118-A118的核苷酸突变。

优选地，所述猪包括杜洛克猪及其合成系。

本发明提供了一种用于检测上述所述的SNP分子标记的引物对，包含引物P001-F和引物P002-R，其核苷酸序列如下所示：

P001-F：5’-CCTGTGGTAGACCATGCTCCAA-3’，

P002-R：5’-GGGACACAGGACAAAGGGATG-3’。

本发明提供了一种用于检测上述所述的SNP分子标记的试剂盒，包含上述所述的引物对。

本发明提供了一种检测与健仔数和活仔率相关的SNP分子标记基因型的方法，包含如下步骤：

(1)提取待测猪的基因组DNA；