[发明专利]一种不依赖先证者或参照者的单基因病的单体型构建方法

权利要求书

1.一种不依赖先证者或参照者的单基因病的单体型构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

对单基因病目标区域进行扩增，测序获取基因测序数据，包括母亲测序数据、父亲测序数据、n个子代胚胎测序数据；

基于母亲测序数据和父亲测序数据，筛选并提取判断子代胚胎中母亲DNA链来源的SNP位点集合N1，筛选并提取判断子代胚胎中父亲DNA链来源的SNP位点集合N2；

基于各子代胚胎测序数据、SNP位点集合N1、SNP位点集合N2，提取各子代胚胎测序数据中的SNP位点集合N1-1、SNP位点集合N2-1；

依据SNP位点集合N1-1内SNP位点杂合碱基的分布规律，判断各子代胚胎中母亲DNA链来源；依据SNP位点集合N2-1内SNP位点杂合碱基的分布规律，判断各子代胚胎中父亲DNA链来源；

基于子代胚胎的父亲DNA链来源和母亲DNA链来源，构建子代胚胎单体型；

在子代胚胎中寻找含致病突变的胚胎作为先证者，依据孟德尔遗传规律并结合子代胚胎单体型，判断各子代胚胎是否携带致病基因链。

2.根据权利要求1所述的单基因病的单体型构建方法，其特征在于，提取各子代胚胎测序数据中的SNP位点集合N1-1、SNP位点集合N2-1前，还包括：提取基因测序数据中的特异性SNP位点，形成SNP位点集合N，包括N_子代、N_母亲、N_父亲。

3.根据权利要求2所述的单基因病的单体型构建方法，其特征在于，SNP位点集合N1-1的获取方法，包括：基于N_母亲和N_父亲，筛选N_母亲中杂合SNP位点，且N_父亲中纯合SNP位点作为特异性SNP位点，形成SNP位点集合N1；基于各子代胚胎测序数据N_子代和N1，提取并获得各子代胚胎测序数据中的SNP位点集合N1-1，作为判断子代胚胎中母亲DNA链来源的依据；

SNP位点集合N2-1的获取方法，包括：筛选N_母亲中纯合SNP位点，且N_父亲中杂合SNP位点作为特异性SNP位点，形成SNP位点集合N2；基于各子代胚胎测序数据N_子代和N2，提取并获得各子代胚胎测序数据中的SNP位点集合N2-1，作为判断子代胚胎中父亲DNA链来源的依据。

4.根据权利要求1~3任一项所述的单基因病的单体型构建方法，其特征在于，判断各子代胚胎中母亲DNA链来源和父亲DNA链来源前，还包括：

依据SNP位点杂合碱基的分布规律，分别对各子代胚胎测序数据中SNP位点集合N1-1和SNP位点集合N2-1内SNP位点标记。

5.根据权利要求4所述的单基因病的单体型构建方法，其特征在于，各子代胚胎测序数据中SNP位点集合N1-1和SNP位点集合N2-1内SNP位点标记方法为：

在单基因病目标区域内，当子代胚胎的父亲和母亲的基因型分别为AB和AA时，定义B为杂合碱基，A为纯合碱基；

若子代胚胎的SNP位点包含B时，则标记为1；

若子代胚胎的SNP位点不包含B时，则标记为0。

6.根据权利要求5所述的单基因病的单体型构建方法，其特征在于，各子代胚胎中母亲DNA链来源和父亲DNA链来源的判断方法为：

基于SNP位点集合N1-1内标记为1或0的SNP位点，建立n个子代胚胎的母亲DNA链来源分析矩阵；遍历n个子代胚胎的母亲DNA链来源分析矩阵中标记为1的SNP位点；筛选出标记不同的m个子代胚胎，其中，m≤n；将m个子代胚胎分为2类，一类对应于母亲的一条DNA链，另一类对应于母亲的另一条DNA链，获得各子代胚胎中母亲DNA链来源；

基于SNP位点集合N2-1内标记为1或0的SNP位点，建立n个子代胚胎的父亲DNA链来源分析矩阵；遍历n个子代胚胎的父亲DNA链来源分析矩阵中标记为1的SNP位点；筛选出标记不同的m个子代胚胎，其中，m≤n；将m个子代胚胎分为2类，一类对应于父亲的一条DNA链，另一类对应于父亲的另一条DNA链，获得各子代胚胎中父亲DNA链来源。