[发明专利]一种高通量测序突变检测方法、设备、装置及可读存储介质

权利要求书

1.一种高通量测序突变检测方法，包括：

S1)获取基因样本中各候选突变位点的特征信息，所述特征信息来源于基因样本的高通量测序数据；

S2)基于各候选突变位点的特征信息和目标值s，将各候选突变位点进行层次聚类分析，其中，目标值s由各候选突变位点与其所在的分类内部其他候选突变位点的距离d的平均值a和各候选突变位点与最近的一个分类中的候选突变位点的距离d的平均值b计算获得；

S3)根据层次聚类分析结果，基于候选突变位点的突变丰度，获取各类候选突变位点的背景值pbg；

S4)根据层次聚类分析结果，基于候选突变位点的深度及其所在的分类的背景值pbg，获取各类候选突变位点的最低检测下限；

S5)根据各候选突变位点所在类别的背景值pbg及各候选突变位点的最低检测下限，确定各候选突变位点的检测阈值。

2.如权利要求1所述的高通量测序突变检测方法，其特征在于，还包括：将基因样本的高通量测序数据与人类参考基因组数据进行比对，以鉴别基因样本中的候选突变位点。

3.如权利要求2所述的高通量测序突变检测方法，其特征在于，通过BWA算法将基因样本的高通量测序数据与人类参考基因组数据进行比对；

和/或，通过VarDict算法鉴别基因样本中的候选突变位点。

4.如权利要求1所述的高通量测序突变检测方法，其特征在于，所述特征信息包括深度、变异深度、正链参考碱基深度、负链参考碱基深度、正链变异碱基深度、负链变异碱基深度、基因型、突变丰度、链偏差、读取片段上的位置、读取片段上的位置的标准差、平均碱基质量分数、碱基质量分数标准差、比对质量、高质量片段比例、高质量片段突变丰度、是否为微卫星位点、微卫星位点单元长度、片段上的错配总数、5`端的序列、3`端的序列、突变类型、重复比例中的一种或多种的组合。

5.如权利要求1所述的高通量测序突变检测方法，其特征在于，目标值s的计算方法如下：

其中，a为各候选突变位点与其所在的分类内部其他候选突变位点的距离d的平均值；b为各候选突变位点与最近的一个分类中的候选突变位点的距离d的平均值。

6.如权利要求1所述的高通量测序突变检测方法，其特征在于，两个位点之间的距离d为两个位点的丰度的差值，优选为两个位点的丰度的差值的绝对值。

和/或，各类候选突变位点的背景值pbg为该类中各候选突变位点的突变丰度的中位数。

和/或，各候选突变位点的最低检测下限的计算方法为：

f＝ln(1–p)/–n

其中，f为候选突变位点的最低检测下限；

p为候选突变位点所在的分类的背景值pbg；

n为候选突变位点的深度。

和/或，各候选突变位点的检测阈值为其所在类别的背景值pbg以及各候选突变位点的最低检测下限两者相比较大的数值。

7.如权利要求1所述的高通量测序突变检测方法，其特征在于，还包括：根据各候选突变位点的检测阈值，获取各候选突变位点的突变检测结果。

8.一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，所述程序被处理器执行时实现如权利要求1-7任一权利要求所述的高通量测序突变检测方法。

9.一种设备，包括：处理器和存储器，所述存储器用于存储计算机程序，所述处理器用于执行所述存储器存储的计算机程序，以使所述设备执行如权利要求1-7任一权利要求所述的高通量测序突变检测方法。

10.一种装置，所述装置包括：

特征信息获取模块，用于获取基因样本中各候选突变位点的特征信息，所述特征信息来源于基因样本的高通量测序数据；

层次聚类分析模块，用于基于各候选突变位点的特征信息和目标值s，将各候选突变位点进行层次聚类分析，其中，目标值s由各候选突变位点与其所在的分类内部其他候选突变位点的距离d的平均值a和各候选突变位点与最近的一个分类中的候选突变位点的距离d的平均值b计算获得；

背景值pbg计算模块，用于根据层次聚类分析结果，基于候选突变位点的突变丰度，获取各类候选突变位点的背景值pbg；

最低检测下限计算模块，用于根据层次聚类分析结果，基于候选突变位点的深度及其所在的分类的背景值pbg，获取各类候选突变位点的最低检测下限；

检测阈值计算模块，根据各候选突变位点所在类别的背景值pbg及各候选突变位点的最低检测下限，确定各候选突变位点的检测阈值；

优选的，还包括候选突变位点鉴别模块，用于将基因样本的高通量测序数据与人类参考基因组数据进行比对，以鉴别基因样本中的候选突变位点；

优选的，还包括突变检测结果计算模块，用于根据各候选突变位点的检测阈值，获取各候选突变位点的突变检测结果。