[发明专利]一种海雀稗耐镉性状的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种海雀稗耐镉性状的SNP分子标记及其应用，所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，其中SNP位点为：在SEQ ID NO.1所示序列的第401bp处存在A/G突变。本发明通过172份海雀稗种质的重测序数据，结合镉胁迫后海雀稗相关性状的表型数据进行全基因组关联分析，定位筛选出与耐镉性状相关的分子标记，研究发现其中位于第04号染色体的第41351449bp位置处的SNP分子标记Pv.chr04:p41351449对海雀稗耐镉性状的贡献率高，对海雀稗耐镉性状的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，从而有效筛选得到强耐镉性状的海雀稗品种，加速海雀稗育种进程，适于大规模推广应用。

技术领域

本发明属于遗传育种和分子生物学技术领域，具体涉及一种海雀稗耐镉性状的SNP分子标记及其应用。

背景技术

海雀稗(Paspalum vaginatum Sw.)又称海滨雀稗或夏威夷草，是被子植物门单子叶植物纲禾本科黍族雀稗属的多年生草本植物，主要分布于热带和亚热带的海滨地区，有长势发达的匍匐茎和根茎，叶片线形或狭披针形，其形成的草坪均一致密、色泽墨绿，是绿地草坪和运动场草坪的优良草种。海雀稗有一定的耐镉性，根系能富集大量镉，并能限制镉向地上部分迁移。。随着育种技术的发展以及对海雀稗的深入研究，海雀稗正展现越来越广泛的应用前景。

镉(Cadmium，Cd)是银白色有光泽的稀有重金属，具有良好的韧性和延展性，在元素周期表中与锌(Zn)、汞(Hg)为同族元素,其化学性质类似于锌。随着工业发展，镉被广泛运用于镍镉电池、电镀镉、颜料和涂料生产、原子反应堆等领域，但在工业生产、废物处理过程中大量镉也被排放到环境，使得土壤污染问题日益严重。据《全国土壤污染状况调查公报》显示我国土壤镉污染超标率达7.0％，位居无机污染物榜首，是最严重的土壤重金属污染物，被列为优先控制的元素。土壤被镉污染后，不仅危害作物的产量和质量，还易通过食物链富集到人体，使人体有益金属效能降低，肝脏受损，骨质疏松，癌症病变，严重危害人体健康，因此对镉污染的治理修复已成为重要环境问题。

土壤重金属污染修复技术主要包括物理、化学修复和生物修复，生物修复中的植物修复技术主要利用植物对重金属的吸收积累、分解挥发或固定使土壤中的污染物含量降低，从而减少土壤重金属污染，因其简单高效、绿色经济兼具环境美学的优点，有广阔的应用前景及较高的生态、社会和经济价值。筛选超富集重金属的植物品种是提高这一技术效率的关键。

全基因组关联分析(Genome-wide Association Analysis,GWAS)通常以自然群体为研究对象，以连锁不平衡(Linkage Disequilibrium，LD)为研究基础，寻找群体内与目标性状相关联的遗传标记或候选基因，GWAS目前是解析复杂性状遗传变异的有效手段。GWAS最早由Risch在1996年提出，Klein在2005年用GWAS研究与年龄相关的黄斑变性后，GWAS开始广泛应用于人类疾病的研究。随着高通量测序技术的发展，GWAS被广泛应用于植物性状的研究。单核苷酸多态性(Single Nucleotide polymorphism，SNP)主要指基因组水平上，由于单个核苷酸碱基改变所引起的DNA序列多态性。

发明内容

本发明的目的在于提供了一种海雀稗耐镉性状的SNP分子标记及其应用，本发明通过172份海雀稗种质的重测序数据，结合镉胁迫后海雀稗相关性状的表型数据进行全基因组关联分析，定位筛选出与耐镉性状相关的分子标记，研究发现其中位于第04号染色体的第41351449bp位置处的SNP分子标记Pv.chr04:p41351449对海雀稗耐镉性状的贡献率高，对海雀稗耐镉性状的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，从而有效筛选得到强耐镉性状的海雀稗品种，加速海雀稗育种进程，适于大规模推广应用。

本发明的目的之一在于提供一种雀稗耐镉性状的SNP分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，其中SNP位点为：在SEQ ID NO.1所示序列的第401bp处存在A/G突变。