[发明专利]一种识别非编码RNA多肽的方法在审
申请号: | 202110996256.2 | 申请日: | 2021-08-27 |
公开(公告)号: | CN114038500A | 公开(公告)日: | 2022-02-11 |
发明(设计)人: | 李永生;徐娟 | 申请(专利权)人: | 海南医学院;哈尔滨医科大学 |
主分类号: | G16B20/30 | 分类号: | G16B20/30 |
代理公司: | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人: | 王美燕 |
地址: | 571199 *** | 国省代码: | 海南;46 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 识别 编码 rna 多肽 方法 | ||
1.一种识别非编码RNA多肽的方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)非编码RNA序列的获取:基于非编码RNA的注释信息,获得其在染色体上的位置,结合基因组的参考序列,提取得到非编码RNA序列信息;
2)非编码RNA翻译的理论多肽的计算识别:使用生物信息软件包生成每个转录本的3框翻译的氨基酸序列,搜索序列中以起始密码子对应氨基酸开始,终止密码子结束的,长度大于10的氨基酸序列,通过氨基酸序列的起始终止位置,反推核苷酸序列的起始终止位置,并由所有的核苷酸编码序列并集求编码区间核苷酸序列长度,用编码区间核苷酸序列长度/转录本核苷酸序列的总长度来计算每个转录本的编码能力,数值越大代表该转录本的编码能力越强。
2.根据权利要求1所述的识别非编码RNA多肽的方法,其特征在于,所述非编码RNA包括lncRNA、miRNA或circRNA。
3.验证权利要求1所识别的非编码RNA多肽的方法,其特征在于,通过以下六种方式之一进行验证:
1)被手工注释的数据库收录过;
2)有预测出来的开放阅读框;
3)有核糖体的结合位点;
4)被ribo-seq高通量数据检测到;
5)有m6A修饰位点;
6)被质谱数据支持。
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