[发明专利]一种基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法在审
申请号: | 202110996665.2 | 申请日: | 2021-08-27 |
公开(公告)号: | CN113643765A | 公开(公告)日: | 2021-11-12 |
发明(设计)人: | 于会;赵时雨;施建宇;于宏;董文敏 | 申请(专利权)人: | 西北工业大学 |
主分类号: | G16C20/10 | 分类号: | G16C20/10;G16H70/40;G16C20/70;G06N3/04;G06N3/08 |
代理公司: | 西安铭泽知识产权代理事务所(普通合伙) 61223 | 代理人: | 崔瑞迎 |
地址: | 710129 *** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 张量 神经网络 药物 相互作用 预测 方法 | ||
1.一种基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,包括:
根据药物子结构的划分标准,对药物所有的化学子结构及其相互作用类型构建了一个“子结构×子结构×相互作用类型”的张量ST;
依据张量ST的运算方式,对其进行CP分解,使其近似于一组秩1张量之和;
针对这些秩1张量,重构成张量的因子矩阵,并对因子矩阵构建张量神经网络模型进行训练,最终得到“子结构×子结构×相互作用类型”间的关系,从而得到DDI发生的概率。
2.根据权利要求1所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,所述药物子结构的划分标准方法为依据Pubchem数据集划分,其中,表示数据集中所有的子结构或官能团的集合,si表示S中编号为i的子结构;表示数据集中所有药物的集合,dp表示D中编号为p的药物;表示所有药物中存在的f种相互作用的类型,li表示L中编号为i的相互作用类型。
3.根据权利要求2所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,张量ST的i行j列k层元素STijk表示SSIijk发生的概率
其中,ST预测的DDIpqk发生的概率计算公式为:
4.根据权利要求3所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,
分三步实现的计算:
第一,从ST中提取第k层的矩阵ST:,:,k,ST:,:,k中即为所有相互作用类型为lk的
第二,i∈[1,n]:获取所有类型为lk、且其中一个子结构属于dp的组成的向量;
第三,计算(dp,dq)中所有类型为lk的的和,即
5.根据权利要求4所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,对张量ST进行CP分解如下:
R为人为设定的参数,表示ST分解到的秩1张量的个数,分别表示张量ST的因子矩阵,表示每个秩1张量的权重;
A,B,C按方向收集了张量各维度的信息,ST的x轴和y轴均表示药物的子结构,所以:
利用两个矩阵A、C,即可近似地表示张量ST。
6.根据权利要求5所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,张量神经网络模型的构建按照以下方法进行:
由公式(10)和公式(13)得到:
根据公式(7)推出:
其中,公式(7)为
其中,·表示向量的点积;
随机生成每个化学子结构和相互作用的R维嵌入表示,并将它们分别按行组成矩阵A、C,则经过多次训练后,得到的张量神经网络模型如下:
其中,是发明计算的DDI的发生概率,bias是为了增强模型鲁棒性添加的偏置,⊙表示哈达玛积。
7.根据权利要求6所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,利用已知DDI更新张量神经网络,具体方法如下:
首先,若DDIpqk发生,则否则
其次,通过计算训练集中每个DDI的预测损失更新模型,即:
接着,用loss作为损失函数,使用Adam反向传播算法更新张量神经网络模型。
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