[发明专利]一种基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法在审

专利信息
申请号: 202110996665.2 申请日: 2021-08-27
公开(公告)号: CN113643765A 公开(公告)日: 2021-11-12
发明(设计)人: 于会;赵时雨;施建宇;于宏;董文敏 申请(专利权)人: 西北工业大学
主分类号: G16C20/10 分类号: G16C20/10;G16H70/40;G16C20/70;G06N3/04;G06N3/08
代理公司: 西安铭泽知识产权代理事务所(普通合伙) 61223 代理人: 崔瑞迎
地址: 710129 *** 国省代码: 陕西;61
权利要求书: 查看更多 说明书: 查看更多
摘要:
搜索关键词: 一种 基于 张量 神经网络 药物 相互作用 预测 方法
【权利要求书】:

1.一种基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,包括:

根据药物子结构的划分标准,对药物所有的化学子结构及其相互作用类型构建了一个“子结构×子结构×相互作用类型”的张量ST;

依据张量ST的运算方式,对其进行CP分解,使其近似于一组秩1张量之和;

针对这些秩1张量,重构成张量的因子矩阵,并对因子矩阵构建张量神经网络模型进行训练,最终得到“子结构×子结构×相互作用类型”间的关系,从而得到DDI发生的概率。

2.根据权利要求1所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,所述药物子结构的划分标准方法为依据Pubchem数据集划分,其中,表示数据集中所有的子结构或官能团的集合,si表示S中编号为i的子结构;表示数据集中所有药物的集合,dp表示D中编号为p的药物;表示所有药物中存在的f种相互作用的类型,li表示L中编号为i的相互作用类型。

3.根据权利要求2所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,张量ST的i行j列k层元素STijk表示SSIijk发生的概率

其中,ST预测的DDIpqk发生的概率计算公式为:

4.根据权利要求3所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,

分三步实现的计算:

第一,从ST中提取第k层的矩阵ST:,:,k,ST:,:,k中即为所有相互作用类型为lk

第二,i∈[1,n]:获取所有类型为lk、且其中一个子结构属于dp的组成的向量;

第三,计算(dp,dq)中所有类型为lk的的和,即

5.根据权利要求4所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,对张量ST进行CP分解如下:

R为人为设定的参数,表示ST分解到的秩1张量的个数,分别表示张量ST的因子矩阵,表示每个秩1张量的权重;

A,B,C按方向收集了张量各维度的信息,ST的x轴和y轴均表示药物的子结构,所以:

利用两个矩阵A、C,即可近似地表示张量ST。

6.根据权利要求5所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,张量神经网络模型的构建按照以下方法进行:

由公式(10)和公式(13)得到:

根据公式(7)推出:

其中,公式(7)为

其中,·表示向量的点积;

随机生成每个化学子结构和相互作用的R维嵌入表示,并将它们分别按行组成矩阵A、C,则经过多次训练后,得到的张量神经网络模型如下:

其中,是发明计算的DDI的发生概率,bias是为了增强模型鲁棒性添加的偏置,⊙表示哈达玛积。

7.根据权利要求6所述的基于张量神经网络的药物-药物相互作用预测方法,其特征在于,利用已知DDI更新张量神经网络,具体方法如下:

首先,若DDIpqk发生,则否则

其次,通过计算训练集中每个DDI的预测损失更新模型,即:

接着,用loss作为损失函数,使用Adam反向传播算法更新张量神经网络模型。

下载完整专利技术内容需要扣除积分,VIP会员可以免费下载。

该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于西北工业大学,未经西北工业大学许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服

本文链接:http://www.vipzhuanli.com/pat/books/202110996665.2/1.html,转载请声明来源钻瓜专利网。

同类专利
专利分类
×

专利文献下载

说明:

1、专利原文基于中国国家知识产权局专利说明书;

2、支持发明专利 、实用新型专利、外观设计专利(升级中);

3、专利数据每周两次同步更新,支持Adobe PDF格式;

4、内容包括专利技术的结构示意图流程工艺图技术构造图

5、已全新升级为极速版,下载速度显著提升!欢迎使用!

请您登陆后,进行下载,点击【登陆】 【注册】

关于我们 寻求报道 投稿须知 广告合作 版权声明 网站地图 友情链接 企业标识 联系我们

钻瓜专利网在线咨询

周一至周五 9:00-18:00

咨询在线客服咨询在线客服
tel code back_top