[发明专利]用于SBDS基因突变检测的引物组及基因扩增方法

说明书

本发明提供了一种用于SBDS基因突变检测的引物组，包括1对长片段PCR引物和5对巢氏PCR引物，其序列如SEQ ID No.1‑12所示。并公开了一种用于SBDS基因突变检测的基因扩增方法。本发明提供了一种扩增SBDS全长基因的长片段PCR引物，扩增产物长达约12Kb。并针对每个外显子设计了共5对巢氏PCR引物，能有效区分SBDS和SBDSP序列，大幅提高了SBDS基因突变检测的准确率。本发明提供的序列和方法能有效区分SBDS及其假基因SBDSP序列，检测准确率高，操作方便快捷，成本低廉。

技术领域

本发明专利涉及一种用于SBDS基因突变检测的引物组及基因扩增方法，属于生物技术领域。

背景技术

Shwachman-Diamond综合征（SDS，OMIM260400），也称Shwachman-Bodian-Diamond综合征（SBDS），是一种罕见的常染色体隐性遗传病，由Shwachman于1964首次报道。SDS主要临床表现为骨髓衰竭和胰腺外分泌功能障碍.多数患者伴身材矮小,骨骼畸形,肝功能不全,重症感染等。尽管SDS的发病率只有1：77000，但它是胰腺外功能不全和骨骼功能障碍的常见原因之一，90%的SDS患者存在SBDS基因突变。

SBDS基因位于染色体7q11，全长7907bp，包含5个外显子。SBDSP是SBDS的假基因，两者之间的DNA序列有97%的同源性，这种高度同源的序列对SBDS基因突变的正确检出产生极大的干扰。使用Sanger测序和商业化的捕获探针高通量测序均不能有效区分SBDS和SBDSP的序列，从而降低了SBDS基因突变的检出率，并存在一定的假阳性。因此本领域亟需提供一种可以有效检测SBDS基因突变的新方法，以提高检测准确率，简化操作流程，提高时效性。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于重组酶的基因捕获方法。

本发明采取的技术方案为：一种用于SBDS基因突变检测的引物组，包括1对长片段PCR引物和5对巢氏PCR引物，长片段PCR引物SBDS-L的序列如SEQ ID No.1-2所示，第一对巢氏PCR引物SBDS-1的序列如SEQ ID No.3-4所示，第二对巢氏PCR引物SBDS-2的序列如SEQID No.5-6所示，第三对巢氏PCR引物SBDS-3的序列如SEQ ID No.7-8所示，第四对巢氏PCR引物SBDS-4的序列如SEQ ID No.9-10所示，第五对巢氏PCR引物SBDS-5的序列如SEQ IDNo.11-12所示。

本发明还公开了一种用于SBDS基因突变检测的基因扩增方法，其步骤包括：提取样本基因组DNA，以样本基因组DNA为模板，以长片段PCR引物SBDS-L为引物进行长链PCR反应，再以长链PCR反应产物为模板，以5对巢氏PCR引物中任一对或几对为引物，进行PCR反应，得到SBDS基因扩增片段。

优选的，长链PCR反应采用KOD FX Neo聚合酶。

优选的，长片段PCR引物SBDS-L在长链PCR反应体系中的浓度为0.15μM。

本发明的有益效果为：

本发明提供了一种用于SBDS基因突变检测的引物组，包括一对扩增SBDS全长基因的长片段PCR引物，扩增产物长达约13Kb。并针对每个外显子设计了共5对巢氏PCR引物，能有效区分SBDS和SBDSP序列，大幅提高了SBDS基因突变检测的准确率。本发明提供的序列和方法能有效区分SBDS及其假基因SBDSP序列，检测准确率高，操作方便快捷，成本低廉。

附图说明

图1为SBDS-L长片段PCR产物琼脂糖凝胶电泳图，图中条带1：1Kb DNA ladder 、2：SBDS-L长片段扩增产物。