[发明专利]小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用

说明书

本发明公开了一种小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状中的用途。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与小麦每穗小穗数及穗粒数相关的SNP位点及其应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L)是世界的重要粮食作物，提高小麦产量是育种家的主要目标之一。随着人口的增多，提升小麦单产保证小麦稳产是满足近年来粮食需求不断提高的重要方式。小麦产量是由单位面积穗数、每穗粒数和千粒重三要素构成的。这三个因素也叫小麦的产量结构，三个因素的乘积就是小麦的单位面积产量。而每穗小穗数则是每穗粒数的关键影响因素。与此同时，穗粒数也是影响小麦高产的重要限制因素，穗粒数是由多基因控制的数量性状，呈连续变异，遗传基础比较复杂。因此，挖掘调控每穗小穗数和/或穗粒数的优异等位变异并开发功能标记显得尤为重要。

目前，研究者已经定位了大量调控每穗小穗数的QTL。Liu等对‘20828’与国审小麦川农16杂交创制的含有199个株系的重组自交系群体进行基因分型，并对小穗数位点进行QTL定位，在2D、4B、5A、5B和5D染色体上共检测到了5个稳定的小穗数QTL。Zhang等利用QTLICIMapping的复合区间作图法进行了QTL分析,初步得到了与穗部性状相关的QTL位点/区段,为小麦穗部性状的进一步精细定位,基因克隆和分子标记辅助选择育种奠定了理论基础。卢翔等利用单标记分析和复合区间作图法对小麦的穗部几个相关性状的QTL定位,发现在1A染色体上存在与穗长,小穗数,小穗粒数,穗粒数相关的重要QTL各1个。Zhang等通过SLAF-seq技术，结合9个不同环境的表型数据对其穗部性状进行QTL分析,在1B、2B、2D、4A、4B、5B、6B、7A、7D染色体上共检测到30个与小穗数相关的QTL,其中多个QTL为多个环境中稳定表达的QTL。

与此同时，研究者亦定位了大量调控穗粒数的基因与QTL。Chen等通过生信网站Ensembl Plants和NCBI对区间内的156个基因进行综合比对分析得到8个与穗粒数有关的基因。Ren等用覆盖了小麦21条染色体的23536个DArT探针进行检测,构建遗传连锁图谱后对穗粒数进行QTL定位,共检测到10个控制穗粒数的QTL。Zuo等利用生物信息学手段对来自不同遗传作图群体的控制小麦穗粒数的163个QTL位点进行图谱整合、映射和元分析，最终获得35个一致性QTL。李涛等利用小麦55K SNP芯片进行基因分型构建高密度遗传连锁图谱在3年2点5个环境中共鉴定到4个小穗数QTL。Wang等利用小麦全基因组功能注释和EnsemblPlants对93个候选基因进行蛋白功能筛选,得到5个控制小麦穗粒数性状的候选基因。

尽管目前已经定位了如此大量的与小麦每穗小穗数及小麦穗粒数相关的QTL。但是，由于绝大多数这些QTL多为微效QTL，且不同环境中很难稳定表达，难以实用。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基。

作为本发明的一种优选技术方案，所述SNP位点处的核苷酸为G或A；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙。

作为本发明的一种优选技术方案，所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。