[发明专利]用于加工多核苷酸的方法和系统

权利要求书

1.一种用于分析物表征的方法，所述方法包括：

(a)提供多个分区，其中所述多个分区的给定分区包含偶联至珠粒和多种分析物的多个条形码分子，其中(i)所述多个条形码分子的第一单个条形码分子包含第一核酸条形码序列并且能够偶联至所述多种分析物的第一分析物；并且(ii)所述多个带条形码分子的第二单个条形码分子包含第二核酸条形码序列并且能够偶联至所述多种分析物的第二分析物，其中所述第一分析物和所述第二分析物是不同类型的分析物；以及

(b)在所述给定分区中，(i)将所述第一单个条形码分子偶联至所述第一分析物并合成第一核酸分子，所述第一核酸分子包含所述第一核酸条形码序列或其互补序列的至少一部分和所述第一分析物或其互补序列的序列；以及(ii)将所述第二单个条形码分子偶联至所述第二分析物并合成第二核酸分子，所述第二核酸分子包含所述第二核酸条形码序列或其互补序列的至少一部分和所述第二分析物或其互补序列的序列。

2.如权利要求1所述的方法，其还包括从所述给定分区除去所述第一核酸分子和所述第二核酸分子或所述第一核酸分子或所述第二核酸分子的衍生物。

3.如权利要求1所述的方法，其中，在(a)之后，所述第一单个条形码分子或所述第二单个条形码分子从所述珠粒释放。

4.如权利要求1所述的方法，其还包括对所述第一核酸分子和所述第二核酸分子或所述第一核酸分子或所述第二核酸分子的衍生物进行测序以表征所述第一分析物或所述第二分析物。

5.如权利要求4所述的方法，其还包括基于来自所述测序的所述第一分析物或所述第二分析物的表征重复(a)-(c)。

6.如权利要求4所述的方法，其还包括基于在重复(a)-(c)时从所述测序或随后测序获得的所述第一分析物或所述第二分析物的表征来选择所述第一分析物或所述第二分析物。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述第一单个条形码分子或所述第二单个条形码分子包含独特分子标识(UMI)序列。

8.一种用于分析物表征的方法，所述方法包括：

(a)提供多个分区，其中所述多个分区的给定分区包含偶联至珠粒和多种分析物的多个条形码分子，其中(i)所述多个条形码分子的第一单个条形码分子包含第一核酸条形码序列并且能够偶联至所述多种分析物的第一分析物；并且(ii)所述多个带条形码分子的第二单个条形码分子包含第二核酸条形码序列并且能够偶联至所述多种分析物的第二分析物，其中所述第一分析物是免疫细胞的核酸，并且所述第二分析物是抗原呈递颗粒的核酸；以及

(b)在所述给定分区中，(i)将所述第一单个条形码分子偶联至所述第一分析物并合成第一核酸分子，所述第一核酸分子包含所述第一核酸条形码序列或其互补序列的至少一部分和所述第一分析物或其互补序列的序列；以及(ii)将所述第二单个条形码分子偶联至所述第二分析物并合成第二核酸分子，所述第二核酸分子包含所述第二核酸条形码序列或其互补序列的至少一部分和所述第二分析物或其互补序列的序列。

9.一种用于分析物表征的方法，所述方法包括：

(a)提供多个分区，其中所述多个分区的给定分区包含偶联至珠粒和多种分析物的多个条形码分子，其中(i)所述多个条形码分子的第一单个条形码分子包含第一核酸条形码序列并且能够偶联至所述多种分析物的第一分析物；并且(ii)所述多个带条形码分子的第二单个条形码分子包含第二核酸条形码序列并且能够偶联至所述多种分析物的第二分析物，其中所述第一分析物是单链引导核糖核酸(sgRNA)，并且所述第二分析物是细胞的核酸；以及

(b)在所述给定分区中，(i)将所述第一单个条形码分子偶联至所述第一分析物并合成第一核酸分子，所述第一核酸分子包含所述第一核酸条形码序列或其互补序列的至少一部分和所述第一分析物或其互补序列的序列；以及(ii)将所述第二单个条形码分子偶联至所述第二分析物并合成第二核酸分子，所述第二核酸分子包含所述第二核酸条形码序列或其互补序列的至少一部分和所述第二分析物或其互补序列的序列。

10.一种用于单细胞加工或分析的方法，所述方法包括：

(a)使来自多个细胞的所述单细胞与一种或多种主要组织相容性复合物(MHC)接触，其中来自所述一种或多种MHC的MHC包含含有第一条形码序列的第一核酸分子；

(b)将所述单细胞与来自微滴中的多个珠粒的珠粒共分配，其中所述珠粒包含含有第二条形码序列的第二核酸分子；以及

从所述第一核酸分子和所述第二核酸分子产生第三核酸分子，所述第三核酸分子包含(i)所述第一条形码序列或其互补序列，和(ii)所述第二条形码序列或其互补序列。