[发明专利]同源重组修复基因捕获探针组、试剂盒及其应用

权利要求书

1.用于捕获同源重组修复基因的探针组，其特征在于，所述探针组捕获的基因组区域包括：表1中所示的15个同源重组修复基因的全编码区和外显子-内含子连接区，表2中所示的与大片段重排相关的7个基因的16个内含子区，表3中所示的ATM、BRCA1、BRCA2、CDK12、CHEK1、CHEK2、RAD51C基因的275个骨架SNPs位点，以及表4中所示的56个SNPs位点；所述探针组包括SEQ ID NO:1～331所示序列的探针；

。

2.试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的探针组。

3.权利要求1所述探针组的设计方法，其特征在于，步骤包括：

1）选择表1中的15个同源重组修复基因的全编码区和外显子-内含子连接区、表2中的与大片段重排相关的7个基因的16个内含子区、表3中的高频发生纯合缺失的ATM、BRCA1、BRCA2、CDK12、CHEK1、CHEK2、RAD51C基因的275个骨架SNPs位点以及表4中的56个SNPs位点作为探针设计的基因目标区域；

2）根据步骤1）选择的基因目标区域设计探针组的序列；

3）将步骤2）设计好的探针进行blast和repeatmask，去除同源性较高和捕获区域重复的探针；

4）统计经步骤3）过滤后所得探针序列的GC含量，去除GC含量少于20%的探针；

5）统计探针设计未覆盖区域、同源性较高和捕获区域重复的探针区域，以及GC含量少于20%的探针区域，将这些区域分别延伸20bp，按照长度120bp、步长90bp的规则进行划分，将划分的区域进行blast、repeatmask及GC含量统计，去除同源性较高、捕获区域重复和GC含量少于20%的探针；

6）将去除的区域按照上述步骤5）再进行设计，将无法覆盖或是覆盖不好的区域进行遍历叠瓦设计，最大限度地覆盖目标区域。

4.同源重组修复基因的高通量测序方法，所述方法非用于疾病的诊断和治疗目的，其特征在于，步骤包括：

1）DNA样本制备；

2）用权利要求1所述的探针组杂交捕获同源重组修复基因，并进行富集；

3）进行高通量测序，并拆分测序数据，定义Q30≥85%的数据为合格下机数据；

4）对合格下机数据进行预处理，去除建库过程中引入的接头序列、引物和低质量碱基片段；

5）将碱基序列比对至人类参考基因组，并进行排序和序列比对优化，对比对后的数据去重，进行局部重比对和碱基质量矫正。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，还包括步骤：

6）计算56个SNPs位点水平A、C、G、T的频率，当SNP的突变频率在40%～60%时，认为该位点为杂合突变基因型；当SNP的突变频率为100%时，认为该位点为纯合突变基因型；当SNP的突变频率为0时，认为该位点为野生型；当SNP位点的突变频率≥85%且＜100%时，则认为此位点为可能的污染位点；统计野生型、纯合突变基因型、杂合突变基因型和可能的污染位点个数；若野生型和纯合突变基因型的位点个数和≤10，则判定样本存在污染；若野生型和纯合突变基因型的位点个数和﹥10，则根据可能的污染位点及其突变频率的平均值，计算样本的可能污染频率，给出污染频率结果；

7）统计每个样本的Q30碱基占比、序列比对至参考基因组比例、目标区域的平均测序深度、捕获效率、捕获均一性、1×覆盖度、污染频率、插入片段长度，判定数据质控是否通过；如果Q30碱基占比≥85%，序列比对至参考基因组比例≥95%，平均有效测序深度≥500×，捕获效率≥20%，捕获均一性≥90%，1×覆盖度≥98%，污染频率＜1%、插入片段长度在100～250bp之间，则样本数据质控通过；否则判定样本数据质控不通过，需要重新实验。

6.权利要求1所述探针组在制备同源重组修复基因突变检测试剂中的应用，所述应用非用于疾病的诊断和治疗目的，其特征在于，所述同源重组修复基因突变包括单核苷酸位点变异和小片段插入缺失、大片段重排、拷贝数变异中的一种或多种。