[发明专利]苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明给出的SNP分子标记位点和单倍型分子标记，与苏氏圆腹鲶的生长特性密切相关，可运用到苏氏圆腹鲶的分子标记辅助选育中，便于对苏氏圆腹鲶进行早期选择，从而缩短世代间隔，提高群体选种的准确性和育种进程。

技术领域

本发明属于鱼类分子标记辅助育种选育技术领域。更具体地，涉及一种与苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

苏氏圆腹鲶(Pangasianodon hypophthalmus)又称淡水虎鲨、虎头鲨、巴沙鱼，隶属鲶形目，芒鲶属，为无鳞鱼类，是东南亚国家重要的淡水养殖品种，具有生长快、耐低氧、无肌间小刺等特点。近年来，苏氏圆腹鲶在我国的消费需求不断增长，但多依赖国外进口，国内的养殖技术还不能完全满足市场的需求，且出现了苗种混杂等种质衰退现象，严重影响苏氏圆腹鲶养殖产业的健康发展，因此，对苏氏圆腹鲶进行选择育种具有重要意义。

单核甘酸多态性(SNP)是动物基因组中普遍存在的一种分子标记，主要是指在基因组水平上由单个核甘酸的变异(包括缺失、颠换、插入和转换)所引起的DNA序列多态性，是可遗传的变异中最常见的一种变异。SNP与生物遗传高度相关，位于基因启动子区或编码区等功能区的多态性可能直接引起生物体疾病或其他性状的改变。

生长激素受体(GHR)是细胞因子受体超家族的一员，处于GH/IGF生长轴上，其通过调节上下游相关基因的表达调控动物生长发育，对生长发育功能起重要作用。生长激素(GH)对动物生长的促进作用离不开GHR，GHR的遗传多态性可能会影响GH的正常功能，进而影响个体的生长发育、体重、身长等生长性状。GHR基因研究其多态性和筛选生长相关分子标记的报道主要集中在家禽上，在鱼类中的研究相对较少。

阮瑞霞等公开了吉富罗非鱼两种生长激素受体基因的分离及与增重相关的SNPs位点，其从吉富罗非鱼中分离得到的两个生长激素受体基因与尼罗罗非鱼(EF052861，AY973233)相似性较高(阮瑞霞,俞菊华,李红霞,等.吉富罗非鱼两种生长激素受体基因的分离及与增重相关的SNPs位点[J].动物学杂志,2011,046(003):37-46.)。其虽公开了吉富罗非鱼生长激素受体基因以及从中获得的SNP位点，但不同鱼类的生长激素受体基因存在差异，苏氏圆腹鲶的GHR基因中是否存在与生长性状相关的SNP位点是未知的。目前也还未有关于在苏氏圆腹鲶中寻找鉴定GHR基因，以及与生长性状相关的SNP分子标记或单倍型分子标记的报道。

发明内容

本发明要解决的技术问题是克服现有上述技术的缺陷和不足，提供一种与苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记及其应用。

本发明的第一个目的是提供与苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记。

本发明的第二个目的是提供一种与苏氏圆腹鲶生长性状相关的单倍型分子标记。

本发明的第三个目的是提供与苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记以及单倍型分子标记在苏氏圆腹鲶分子标记辅助选育中的应用。

本发明的第四个目的是提供一种用于检测所述SNP分子标记或所述单倍型分子标记的引物。

本发明的第五个目的是提供一种用于检测所述SNP分子标记或所述单倍型分子标记的试剂盒。

本发明上述目的通过以下技术方案实现：

本发明获得了源于苏氏圆腹鲶生长激素受体(GHR)基因的SNP分子标记位点和单倍型分子标记，所述分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过将所得SNP位点与单倍型分子标记与主要生长性状进行关联分析，给出了可作为苏氏圆腹鲶生长相关的分子育种标记位点，为辅助苏氏圆腹鲶进行选育提供分子机制，可缩短育种年限，使优良性状得到充分发挥与利用。

本发明提供了一种与苏氏圆腹鲶生长性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示。