[发明专利]一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用。利用桃重瓣花分离后代作为材料，确定了与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，利用该分子标记可以替代传统的以表型观察判断的方法，在早期即可实现对重瓣花性状的鉴定。本发明不仅为桃重瓣花基因的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育具有重瓣花基因的桃树新品种提供了高效途径。

技术领域

本发明涉及一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用，属于分子标记辅助选择技术领域。

背景技术

桃是世界上最重要的经济水果树种之一，二倍体(2n＝16)，由于其基因组小(～250M)、童期相对较短(2～3年)，被视为蔷薇科进化和功能基因组研究的宝贵资源和重要的模式植物 (Shulaev et al.,2008)。桃原产于中国，4,000年前已在中国驯化，随后通过丝绸之路传递到欧洲各国(Faust et al.,1995)。在我国，桃是第三大落叶果树，广泛栽培于全国各地，是农业生产的一个重要组成部分。

具有额外花瓣的重瓣花在桃等观赏植物中具有引人注目的外观和商业价值，因此是重要的人工选择的性状。已经发现2个独立的遗传位点调控桃重瓣花性状。Lammerts(1945)描述了第一个隐性遗传的重瓣花性状位点(dl/dl)，并将其定位到Pp02染色体上(Dirlewanger et al.,2004)。第二个位点被鉴定为1个显性位点(Dl2/dl2)调控，最初由Beckman et al(2012) 描述，定位到Pp06染色体的末端，其候选基因已被鉴定为TOE型AP2基因。该基因中miR172 靶位点的缺失是蔷薇科重瓣花性状呈现的主要原因(Pascal etal.,2017；Stefano et al.,2018)。然而，到目前为止，Pp02染色体上的dl基因仍未被鉴定，与桃重瓣花紧密连锁的分子标记仍未被开发，难以实现早期对桃重瓣花进行分子鉴定。

发明内容

本发明克服了上述现有技术的不足，提供一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用。利用桃重瓣花分离后代作为材料，确定了与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，利用该分子标记可以替代传统的以表型观察判断的方法，在早期即可实现对重瓣花性状的鉴定。

一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，所述TE分子标记核苷酸序列如SEQ IDNO.1 所示。

进一步的，上述TE分子标记的侧翼序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

进一步的，上述TE分子标记位于桃基因组V2.0(https://www.rosaceae.org)Pp02染色体的25,860,343bp处。

进一步的，检测上述TE分子标记的引物对，其核苷酸如SEQ ID NO.3和SEQ IDNO.4 所示。

上述与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记或上述引物对在选育具有桃重瓣花性状的种质资源中的应用。

上述应用的应用方法，包括如下步骤：

1)提取待测桃树基因组的DNA；

2)以待测桃树的基因组DNA为模板，利用上述引物对进行PCR扩增反应；

3)对扩增产物进行Sanger测序，检测上述TE分子标记存在情况，当基因型为TE/TE对应桃重瓣花，基因型为A/A或者A/TE对应桃单瓣花。

进一步的，上述应用方法中所述的步骤2)中所述的PCR扩增反应体系为：10ng/μlDNA 模板1μl，10μlM引物各1μl，2×Phanta Max Master Mix 12.5μl，余量为双蒸水，补齐至 25μl。

进一步的，上述应用方法中所述的步骤2)中所述的PCR扩增的反应条件：95℃预变性 30min；95℃变性15s；退火15s；72℃延伸(15-30s/kb)，循环32-34次，72℃终延伸5min。