[发明专利]一种植物耐盐基因模块发掘方法

权利要求书

1.一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于，包括以下步骤：第一步，分离并建立目标植物的基因互作数据库；第二步，利用马尔可夫聚类算法对基因互作网络进行模块化分析，并对基因模块的生物学意义进行评估；第三步，利用基因芯片数据鉴定目标植物的盐胁迫应答基因，采用累积超几何分布对基因模块富含盐胁迫应答基因进行显著性分析；第四步，利用全基因组关联数据分析基因模块与耐盐性之间的关联程度；第五步，根据基因模块两类排名的几何平均值计算基因模块的耐盐作用大小，并以此筛选关键耐盐基因模块。

2.根据权利要求1所述的一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于：第一步的具体做法是，从BioGRID、IntAct、DIP、MINT及STRING数据库中收集基因互作数据，并分离目标植物的互作数据，建立相应的数据库。

3.根据权利要求1所述的一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于：第二步的具体做法是，采用马尔可夫模型的聚类算法MCL对基因网络进行模块化分析，利用GeneOntology数据对MCL算法的不同inflation参数条件下模块基因的功能相似性进行评估，确定模块基因功能相似性得分最高时的inflation参数。

4.根据权利要求1所述的一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于：第三步的具体做法是，从NCBI的GEO数据库以及EBI的ArrayExpress数据库中下载获得目标植物受盐胁迫的基因芯片数据，用RMAExpress软件对芯片数据进行均一化，采用SAM软件包计算目标植物的盐胁迫应答基因；采用累积超几何分布对基因模块富含盐胁迫应答基因进行显著性分析。

5.根据权利要求1所述的一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于：第四步的具体做法是，从Gramene数据库下载与目标植物耐盐相关的全基因组关联数据，而后对各材料的耐盐表型数据进行随机置换，用tassel软件的MLM模型计算各SNP的p值，然后统计各基因模块中与耐盐性显著关联的SNP比例，共进行9999次置换检验，分析基因模块与耐盐性之间的关联程度。

6.根据权利要求1所述的一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于：第五步的具体做法是，对基因模块富含盐胁迫应答基因的概率由小到大进行排序。同样，对基因模块与耐盐性之间的关联程度也由小到大进行排序，根据基因模块两类排名的几何平均值计算基因模块的耐盐作用大小，并以此筛选关键耐盐基因模块。

7.根据权利要求5所述的一种植物耐盐基因模块发掘方法，其特征在于：所述与耐盐性显著相关是指p0.05。